40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS668_2317 on replicon NC_009074
Organism: Burkholderia pseudomallei 668



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  100 
 
 		 160 aa  323  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  98.75 
 
 		 160 aa  318  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  78.62 
 
 		 212 aa  249  8.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  99.08 
 
 		 109 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  99.08 
 
 		 109 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  99.08 
 
 		 109 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  99.08 
 
 		 109 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48.31 
 
 		 196 aa  114  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  50.48 
 
 		 105 aa  114  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  50.48 
 
 		 105 aa  114  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  50 
 
 		 181 aa  107  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  47.71 
 
 		 195 aa  105  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  48.11 
 
 		 189 aa  98.6  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  41.44 
 
 		 119 aa  93.2  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  42.34 
 
 		 182 aa  89.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  38.78 
 
 		 183 aa  86.3  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  38.54 
 
 		 178 aa  84.7  5e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.36 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  38.39 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.84 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  39.62 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  37.5 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.75 
 
 		 186 aa  73.6  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  39.67 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3573  hypothetical protein  40.86 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.298179 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4649  hypothetical protein  40.86 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  36.04 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  33.93 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  39.36 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  39.36 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3575  sigma 54 modulation protein, putative  37.76 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4651  sigma 54 modulation protein, putative  37.76 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  33.33 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 197 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  31.73 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.32 
 
 		 109 aa  53.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.46 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  27.45 
 
 		 195 aa  42.4  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  27.45 
 
 		 194 aa  41.6  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  26.47 
 
 		 195 aa  41.2  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>