36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_2274 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  100 
 
 		 109 aa  222  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.78 
 
 		 182 aa  80.5  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  33.03 
 
 		 190 aa  75.9  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  35.35 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  32.11 
 
 		 190 aa  73.6  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.32 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  35.24 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.11 
 
 		 195 aa  70.9  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  33.33 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.12 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  34.02 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.24 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.29 
 
 		 186 aa  63.9  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  26.61 
 
 		 183 aa  60.5  0.000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  26.61 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.32 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  31.31 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  34.34 
 
 		 212 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  32.32 
 
 		 109 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  32.32 
 
 		 109 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  32.32 
 
 		 109 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  32.32 
 
 		 109 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  32.32 
 
 		 160 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.44 
 
 		 197 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  32.32 
 
 		 160 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  28.44 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  28.44 
 
 		 194 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  27.19 
 
 		 207 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  28.3 
 
 		 126 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  27.52 
 
 		 195 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  29.2 
 
 		 194 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  24.24 
 
 		 105 aa  49.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27 
 
 		 187 aa  47  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  31 
 
 		 209 aa  44.7  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  25 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  25 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>