47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3849 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  100 
 
 		 196 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.88 
 
 		 181 aa  225  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  54.64 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  51.32 
 
 		 189 aa  177  5.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  44.83 
 
 		 183 aa  164  6.9999999999999995e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  44.25 
 
 		 178 aa  163  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.01 
 
 		 188 aa  149  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.11 
 
 		 189 aa  143  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.11 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  40.22 
 
 		 189 aa  123  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.78 
 
 		 186 aa  121  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  51.72 
 
 		 212 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  39.44 
 
 		 192 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  48.31 
 
 		 160 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  48.31 
 
 		 160 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  50.46 
 
 		 109 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  50.46 
 
 		 109 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  50.46 
 
 		 109 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  50.46 
 
 		 109 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  37.02 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  32.37 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  37.43 
 
 		 194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  37.02 
 
 		 195 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  34.76 
 
 		 207 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  34.94 
 
 		 190 aa  105  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  34.34 
 
 		 190 aa  102  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 197 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  46.9 
 
 		 119 aa  96.3  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  28.19 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  38.1 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  39.05 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  39.05 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  45.35 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  29.89 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  28.24 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4649  hypothetical protein  31.31 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3573  hypothetical protein  31.31 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.298179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.32 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  28.43 
 
 		 105 aa  47.8  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4651  sigma 54 modulation protein, putative  30.53 
 
 		 112 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  34.92 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  34.92 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3575  sigma 54 modulation protein, putative  30.53 
 
 		 112 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.87 
 
 		 71 aa  42.7  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  38.33 
 
 		 69 aa  41.6  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2756  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24.3 
 
 		 207 aa  41.2  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144256  normal  0.0289785 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>