83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0821 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  100 
 
 		 181 aa  373  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.88 
 
 		 196 aa  225  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  50.57 
 
 		 183 aa  186  1e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 178 aa  185  4e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  52.54 
 
 		 195 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  51.38 
 
 		 189 aa  179  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.74 
 
 		 189 aa  153  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.48 
 
 		 188 aa  151  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.33 
 
 		 182 aa  144  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.46 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  41.3 
 
 		 192 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  37.14 
 
 		 176 aa  127  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  40.78 
 
 		 194 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  39.23 
 
 		 195 aa  124  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  38.12 
 
 		 195 aa  121  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  37.99 
 
 		 189 aa  118  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  39.76 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  35.68 
 
 		 207 aa  116  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  39.16 
 
 		 190 aa  114  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  48.6 
 
 		 212 aa  112  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  50 
 
 		 160 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 		 109 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  50 
 
 		 109 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 		 109 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  50 
 
 		 109 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 		 160 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  50.44 
 
 		 119 aa  103  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.78 
 
 		 197 aa  98.6  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.69 
 
 		 187 aa  94  9e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  41.67 
 
 		 126 aa  90.9  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  28.72 
 
 		 194 aa  84.3  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  35.64 
 
 		 105 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  44.19 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  35.64 
 
 		 105 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  25.97 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  28.02 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.24 
 
 		 109 aa  64.3  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  27.45 
 
 		 105 aa  56.6  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  32.41 
 
 		 113 aa  45.1  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  32.41 
 
 		 113 aa  45.1  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4649  hypothetical protein  25.49 
 
 		 142 aa  45.1  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3573  hypothetical protein  25.49 
 
 		 142 aa  45.1  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.298179 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.87 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1384  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.31 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000667858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57950  hypothetical protein  30.19 
 
 		 102 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  34.92 
 
 		 67 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1142  hypothetical protein  30.19 
 
 		 106 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  34.92 
 
 		 67 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3013  cold-shock DNA-binding domain protein  33.87 
 
 		 65 aa  43.1  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000213425  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 67 aa  43.1  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 67 aa  43.5  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5036  hypothetical protein  30.19 
 
 		 102 aa  43.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 65 aa  43.1  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4651  sigma 54 modulation protein, putative  30.61 
 
 		 112 aa  42.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3575  sigma 54 modulation protein, putative  30.61 
 
 		 112 aa  42.7  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 66 aa  42.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  35 
 
 		 65 aa  42  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 67 aa  42  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1232  cold shock protein CspA  33.33 
 
 		 67 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000325579  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 		 139 aa  42  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1029  cold shock protein  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.00447e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1135  cold shock protein CspA  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287991  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1054  cold shock protein CspA  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000920965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1213  cold shock protein CspA  33.33 
 
 		 67 aa  41.6  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4477  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 67 aa  41.6  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.11 
 
 		 132 aa  41.6  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 		 66 aa  41.6  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.75 
 
 		 69 aa  41.6  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.75 
 
 		 69 aa  41.6  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 		 66 aa  41.6  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1185  cold shock protein CspA  33.33 
 
 		 67 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4154  cold shock protein CspA  33.33 
 
 		 67 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1289  cold shock protein CspA  33.33 
 
 		 67 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110281  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5568  hypothetical protein  26.42 
 
 		 115 aa  41.2  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.43 
 
 		 66 aa  41.2  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1032  cold shock protein  33.33 
 
 		 67 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000608124  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12780  Sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.48 
 
 		 102 aa  41.2  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  35 
 
 		 66 aa  41.2  0.009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.48 
 
 		 69 aa  40.8  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  35.48 
 
 		 69 aa  40.8  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  35.48 
 
 		 69 aa  40.8  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>