More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4477 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4477  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  137  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  83.58 
 
 
67 aa  116  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  80.6 
 
 
67 aa  110  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.56 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  76.56 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  100  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  100  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
67 aa  100  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  100  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
68 aa  99.8  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  99  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
69 aa  97.4  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 
67 aa  94  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  68.75 
 
 
67 aa  93.6  7e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
67 aa  92  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  92.8  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  68.18 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  91.3  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  91.3  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
68 aa  90.5  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  65.62 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  90.1  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  89  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  89  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
69 aa  89  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  66.67 
 
 
69 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  62.69 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
94 aa  88.2  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  61.19 
 
 
79 aa  87.8  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  63.08 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  62.3 
 
 
68 aa  87.4  6e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 
69 aa  87  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
67 aa  87  7e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  87  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
66 aa  87  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
66 aa  86.7  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  65.62 
 
 
85 aa  86.7  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3079  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
70 aa  86.3  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000105073  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>