19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3573 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3573  hypothetical protein  100 
 
 		 142 aa  282  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.298179 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4649  hypothetical protein  100 
 
 		 142 aa  282  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  40.86 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  40.86 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  39.29 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  34.78 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  39.29 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  39.29 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  39.29 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.31 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  31.37 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  31.37 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  31.58 
 
 		 126 aa  52.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  26.42 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.49 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.92 
 
 		 195 aa  44.7  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  28.32 
 
 		 176 aa  43.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  28.57 
 
 		 189 aa  43.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  23.36 
 
 		 189 aa  42  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>