41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1221 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  100 
 
 		 188 aa  380  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  51.37 
 
 		 209 aa  192  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  36.81 
 
 		 182 aa  109  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.97 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.42 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.05 
 
 		 197 aa  94.4  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.89 
 
 		 195 aa  92.4  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  29.67 
 
 		 189 aa  89.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  32.97 
 
 		 176 aa  88.6  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  31.06 
 
 		 190 aa  87  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.79 
 
 		 186 aa  85.5  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  30.43 
 
 		 190 aa  84.7  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  30.9 
 
 		 192 aa  84.7  7e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  30.57 
 
 		 194 aa  82.8  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  33.15 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  32.24 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  31.69 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  26.06 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  31.69 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.89 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.97 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  32.76 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  26.37 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  26.37 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.95 
 
 		 187 aa  61.2  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  44.16 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  34.71 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 66 aa  42.4  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  32.31 
 
 		 65 aa  42  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 66 aa  41.6  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  33.33 
 
 		 66 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  32.31 
 
 		 66 aa  41.2  0.01  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  32.81 
 
 		 66 aa  41.2  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>