198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0545 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 187 aa  380  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.74 
 
 		 188 aa  165  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.03 
 
 		 189 aa  162  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45.3 
 
 		 182 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  46.52 
 
 		 195 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  46.45 
 
 		 195 aa  141  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  43.78 
 
 		 189 aa  138  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.48 
 
 		 197 aa  137  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  43.41 
 
 		 192 aa  134  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  46.11 
 
 		 194 aa  135  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.57 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  40.78 
 
 		 176 aa  125  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  39.66 
 
 		 195 aa  122  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  36.7 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  35.08 
 
 		 207 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  35.75 
 
 		 183 aa  105  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  35.2 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  36.02 
 
 		 190 aa  99.8  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  35.48 
 
 		 190 aa  97.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  34.38 
 
 		 194 aa  96.3  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  33.69 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.29 
 
 		 196 aa  91.7  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  54.55 
 
 		 90 aa  90.9  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  32.8 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  35.34 
 
 		 119 aa  70.5  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  29.95 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  39.13 
 
 		 70 aa  53.5  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  42.86 
 
 		 69 aa  52.4  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  30.83 
 
 		 126 aa  51.6  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  48.5  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 94 aa  48.5  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 66 aa  48.5  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  39.06 
 
 		 68 aa  48.5  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  37.88 
 
 		 69 aa  48.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 69 aa  47.8  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  36.36 
 
 		 69 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  35.94 
 
 		 70 aa  47.8  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  40.98 
 
 		 66 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 66 aa  46.6  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  29.46 
 
 		 109 aa  46.6  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27 
 
 		 109 aa  47  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 66 aa  46.6  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 66 aa  46.6  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  29.46 
 
 		 109 aa  46.6  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  29.46 
 
 		 109 aa  46.6  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.34 
 
 		 66 aa  46.6  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  29.46 
 
 		 109 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 69 aa  47  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  34.92 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 66 aa  45.8  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  29.46 
 
 		 160 aa  45.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  39.39 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 139 aa  46.2  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 66 aa  45.8  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  35 
 
 		 66 aa  46.2  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  39.34 
 
 		 70 aa  46.2  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 66 aa  46.2  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  35.94 
 
 		 67 aa  45.8  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 65 aa  45.4  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 67 aa  45.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  34.38 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  29.46 
 
 		 160 aa  45.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  36.07 
 
 		 66 aa  45.4  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 67 aa  45.1  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.84 
 
 		 69 aa  45.1  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 83 aa  45.1  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  37.5 
 
 		 138 aa  45.1  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1057  hypothetical protein  32.26 
 
 		 69 aa  45.1  0.0007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.34 
 
 		 68 aa  44.7  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 66 aa  44.7  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  33.85 
 
 		 69 aa  44.7  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2878  hypothetical protein  33.87 
 
 		 68 aa  44.3  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2740  hypothetical protein  33.87 
 
 		 68 aa  44.3  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.81 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.98 
 
 		 67 aa  44.3  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.88 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  30.3 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 66 aa  43.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 70 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>