More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_3423 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_3423  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
572 aa  1161    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.91 
 
 
434 aa  353  4e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  36.67 
 
 
441 aa  318  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.16 
 
 
430 aa  317  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  39.92 
 
 
428 aa  316  9e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  39.59 
 
 
430 aa  315  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  39.63 
 
 
428 aa  315  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  39.63 
 
 
428 aa  315  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.01 
 
 
435 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  39.63 
 
 
423 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  37.4 
 
 
439 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40 
 
 
428 aa  312  7.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  37.78 
 
 
439 aa  311  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.87 
 
 
421 aa  309  1.0000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.87 
 
 
421 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.87 
 
 
421 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.87 
 
 
421 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.87 
 
 
421 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.66 
 
 
421 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.84 
 
 
482 aa  298  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.84 
 
 
490 aa  298  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.32 
 
 
451 aa  297  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  38.19 
 
 
428 aa  296  9e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  57.89 
 
 
443 aa  292  9e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.92 
 
 
452 aa  288  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  59.17 
 
 
438 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.49 
 
 
475 aa  282  1e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  37.76 
 
 
396 aa  272  1e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.25 
 
 
432 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.68 
 
 
438 aa  266  5.999999999999999e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50 
 
 
440 aa  266  1e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  53.85 
 
 
433 aa  259  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.99 
 
 
430 aa  256  6e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.91 
 
 
432 aa  247  4e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  50.21 
 
 
429 aa  246  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  51.22 
 
 
574 aa  245  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.23 
 
 
504 aa  245  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.77 
 
 
439 aa  245  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  50.4 
 
 
574 aa  244  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.39 
 
 
434 aa  243  6e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.14 
 
 
438 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.14 
 
 
438 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.14 
 
 
438 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.15 
 
 
435 aa  242  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.14 
 
 
438 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  47.57 
 
 
431 aa  241  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.33 
 
 
544 aa  241  4e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.67 
 
 
544 aa  240  5e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.77 
 
 
437 aa  240  5.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  48.58 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.58 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.58 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  48.58 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.58 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.58 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.58 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45 
 
 
436 aa  239  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.37 
 
 
438 aa  239  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.58 
 
 
421 aa  238  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.19 
 
 
439 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.58 
 
 
421 aa  238  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.19 
 
 
439 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.49 
 
 
423 aa  237  4e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.44 
 
 
521 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308058  decreased coverage  0.00839171 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.8 
 
 
439 aa  236  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.59 
 
 
421 aa  236  8e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.94 
 
 
439 aa  234  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.21 
 
 
439 aa  233  6e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1773  DEAD/DEAH box helicase-like  33.19 
 
 
477 aa  231  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.09 
 
 
453 aa  230  6e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.756474 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  33.71 
 
 
441 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  33.71 
 
 
441 aa  229  7e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  33.71 
 
 
441 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3293  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.86 
 
 
471 aa  229  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048644  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0359  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.85 
 
 
453 aa  227  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.992502  normal  0.993295 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.75 
 
 
419 aa  227  5.0000000000000005e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2985  DEAD/DEAH box helicase  33.48 
 
 
516 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0305282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1913  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.92 
 
 
505 aa  226  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.857916 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.37 
 
 
428 aa  226  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  33.94 
 
 
419 aa  225  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1324  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.38 
 
 
498 aa  225  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.695587  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.38 
 
 
418 aa  224  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0448  DEAD/DEAH box helicase-like  32.49 
 
 
458 aa  224  3e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0687758  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2463  DEAD/DEAH box helicase-like  33.78 
 
 
500 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.14 
 
 
489 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.69 
 
 
678 aa  220  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
507 aa  220  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.173393  normal  0.464072 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.88 
 
 
516 aa  219  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1657  DEAD/DEAH box helicase  34.68 
 
 
483 aa  219  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0121598  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2536  ATP-dependent helicase, DEAD-box  32.88 
 
 
518 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.314913  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0439  cold-shock DEAD box protein A (ATP-independent RNA helicase)  34.02 
 
 
641 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.251569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3164  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.66 
 
 
580 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.536296  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.99 
 
 
447 aa  216  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  34.23 
 
 
408 aa  216  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2755  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.63 
 
 
472 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0813357  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.58 
 
 
498 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2476  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.95 
 
 
461 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.753535  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0819  DEAD/DEAH box helicase  32.95 
 
 
461 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.01 
 
 
453 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0074  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.86 
 
 
450 aa  213  7.999999999999999e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>