More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4036 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  88.79 
 
 		 421 aa  785    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  90.89 
 
 		 430 aa  808    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  88.79 
 
 		 421 aa  785    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  90.19 
 
 		 428 aa  805    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.79 
 
 		 421 aa  785    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  88.79 
 
 		 421 aa  785    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.55 
 
 		 421 aa  783    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.85 
 
 		 421 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  73.46 
 
 		 438 aa  654    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 		 428 aa  887    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 		 428 aa  887    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.79 
 
 		 421 aa  783    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.32 
 
 		 421 aa  781    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  73.89 
 
 		 439 aa  657    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  90.42 
 
 		 428 aa  809    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.79 
 
 		 421 aa  785    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.79 
 
 		 421 aa  785    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.55 
 
 		 421 aa  781    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.08 
 
 		 421 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  91.36 
 
 		 430 aa  806    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.93 
 
 		 428 aa  842    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.08 
 
 		 421 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.08 
 
 		 421 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  72.13 
 
 		 437 aa  643    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  99.76 
 
 		 423 aa  876    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.08 
 
 		 421 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  72.09 
 
 		 434 aa  632  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  73.32 
 
 		 419 aa  627  1e-178  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.29 
 
 		 435 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.28 
 
 		 439 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.44 
 
 		 438 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.44 
 
 		 438 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.59 
 
 		 436 aa  596  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.97 
 
 		 435 aa  596  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.06 
 
 		 438 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.06 
 
 		 438 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.06 
 
 		 439 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.06 
 
 		 439 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.51 
 
 		 441 aa  593  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.6 
 
 		 439 aa  594  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.6 
 
 		 439 aa  594  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.25 
 
 		 432 aa  588  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.48 
 
 		 434 aa  589  1e-167  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.12 
 
 		 439 aa  587  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  70.23 
 
 		 428 aa  577  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.24 
 
 		 421 aa  571  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.49 
 
 		 418 aa  558  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.29 
 
 		 429 aa  537  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.12 
 
 		 432 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.18 
 
 		 440 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.75 
 
 		 574 aa  434  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.4 
 
 		 430 aa  434  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.86 
 
 		 574 aa  428  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.5 
 
 		 438 aa  421  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  56.2 
 
 		 431 aa  411  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  52.32 
 
 		 544 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.78 
 
 		 544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.08 
 
 		 475 aa  388  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  49.03 
 
 		 433 aa  382  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.17 
 
 		 451 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.76 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.97 
 
 		 490 aa  379  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.63 
 
 		 452 aa  378  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.69 
 
 		 443 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.97 
 
 		 482 aa  377  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.98 
 
 		 423 aa  355  5.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.58 
 
 		 533 aa  334  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.35 
 
 		 392 aa  333  3e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.93 
 
 		 424 aa  332  6e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 		 483 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 482 aa  330  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.63 
 
 		 521 aa  330  4e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 489 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 480 aa  329  7e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 480 aa  329  7e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.36 
 
 		 507 aa  329  7e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.36 
 
 		 529 aa  328  9e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.55 
 
 		 492 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.28 
 
 		 483 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.28 
 
 		 397 aa  318  9e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.09 
 
 		 383 aa  314  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  45.23 
 
 		 384 aa  312  6.999999999999999e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  44.96 
 
 		 396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.25 
 
 		 464 aa  298  9e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.2 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  42.08 
 
 		 527 aa  290  4e-77  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.37 
 
 		 443 aa  288  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2796  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.33 
 
 		 423 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.32 
 
 		 504 aa  286  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2013  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.64 
 
 		 545 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14682  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.36 
 
 		 463 aa  283  6.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.98 
 
 		 528 aa  281  2e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15280  DNA/RNA helicase, superfamily II  40.69 
 
 		 611 aa  280  3e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.170483  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0396  superfamily II DNA/RNA helicase  40.97 
 
 		 551 aa  280  3e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.24 
 
 		 493 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39 
 
 		 452 aa  280  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  39.23 
 
 		 639 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  38.5 
 
 		 635 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.26 
 
 		 471 aa  278  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.84 
 
 		 482 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>