More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2779 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.92 
 
 		 475 aa  637    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  78.62 
 
 		 443 aa  671    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 		 482 aa  988    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  93.48 
 
 		 490 aa  883    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  79.85 
 
 		 438 aa  661    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  77.11 
 
 		 451 aa  695    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  75.97 
 
 		 452 aa  632  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  65.1 
 
 		 433 aa  535  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.35 
 
 		 432 aa  435  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.4 
 
 		 440 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.05 
 
 		 438 aa  434  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.43 
 
 		 430 aa  410  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  53.12 
 
 		 431 aa  403  1e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  51.82 
 
 		 574 aa  402  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.35 
 
 		 544 aa  399  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  53.93 
 
 		 574 aa  396  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.66 
 
 		 544 aa  398  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.7 
 
 		 435 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.79 
 
 		 439 aa  394  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.29 
 
 		 436 aa  395  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.28 
 
 		 439 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.36 
 
 		 432 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.27 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.39 
 
 		 439 aa  391  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.39 
 
 		 439 aa  391  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.71 
 
 		 439 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.04 
 
 		 438 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.04 
 
 		 438 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.04 
 
 		 438 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.91 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.92 
 
 		 439 aa  387  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46 
 
 		 435 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.04 
 
 		 438 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.05 
 
 		 441 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.92 
 
 		 439 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.34 
 
 		 428 aa  385  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.62 
 
 		 430 aa  384  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  52.42 
 
 		 429 aa  385  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.03 
 
 		 421 aa  384  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.03 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.65 
 
 		 437 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.69 
 
 		 428 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.3 
 
 		 421 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  50.54 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.14 
 
 		 430 aa  380  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.3 
 
 		 421 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.06 
 
 		 421 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.3 
 
 		 421 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.54 
 
 		 421 aa  381  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.52 
 
 		 434 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.3 
 
 		 421 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.97 
 
 		 423 aa  378  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.97 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.97 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.82 
 
 		 419 aa  374  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.93 
 
 		 421 aa  369  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.77 
 
 		 418 aa  360  3e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.8 
 
 		 434 aa  359  7e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.07 
 
 		 464 aa  355  1e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.7 
 
 		 489 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.35 
 
 		 392 aa  354  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.7 
 
 		 480 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.7 
 
 		 480 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.09 
 
 		 507 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.96 
 
 		 533 aa  353  4e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.09 
 
 		 529 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.13 
 
 		 521 aa  351  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.86 
 
 		 483 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.42 
 
 		 423 aa  350  3e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.84 
 
 		 482 aa  350  4e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.87 
 
 		 492 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.62 
 
 		 424 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.93 
 
 		 483 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.93 
 
 		 397 aa  332  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.38 
 
 		 383 aa  323  5e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.89 
 
 		 426 aa  322  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  46.15 
 
 		 384 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  45.89 
 
 		 396 aa  319  7e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.33 
 
 		 452 aa  319  7.999999999999999e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  43.32 
 
 		 398 aa  318  1e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.41 
 
 		 463 aa  317  4e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.04 
 
 		 513 aa  316  6e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.27 
 
 		 515 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  44 
 
 		 543 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.7 
 
 		 522 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  41.18 
 
 		 446 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.77 
 
 		 506 aa  312  9e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.41 
 
 		 565 aa  312  9e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.18 
 
 		 492 aa  311  1e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  43.09 
 
 		 527 aa  311  2e-83  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 		 479 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  43.88 
 
 		 540 aa  310  4e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.58 
 
 		 486 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>