More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0620 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 
392 aa  801    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  61.04 
 
 
507 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  61.04 
 
 
489 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  61.04 
 
 
529 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  60.78 
 
 
480 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  60.52 
 
 
483 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  60.78 
 
 
480 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  59.74 
 
 
483 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  58.96 
 
 
482 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  59.74 
 
 
397 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  58.7 
 
 
492 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  57.92 
 
 
521 aa  468  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.99 
 
 
423 aa  449  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.79 
 
 
424 aa  420  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.22 
 
 
533 aa  416  9.999999999999999e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.91 
 
 
383 aa  410  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  52.37 
 
 
396 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  52.11 
 
 
384 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 
464 aa  403  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.33 
 
 
452 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.96 
 
 
451 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.95 
 
 
438 aa  366  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.38 
 
 
443 aa  361  1e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.04 
 
 
475 aa  355  6.999999999999999e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.35 
 
 
482 aa  355  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.35 
 
 
490 aa  354  2e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.79 
 
 
432 aa  349  4e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.69 
 
 
452 aa  347  3e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.41 
 
 
428 aa  343  2e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.84 
 
 
439 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.84 
 
 
439 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.11 
 
 
438 aa  342  7e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.11 
 
 
438 aa  342  7e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.11 
 
 
438 aa  342  8e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.11 
 
 
438 aa  342  8e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.95 
 
 
439 aa  341  1e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  46.15 
 
 
433 aa  340  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.45 
 
 
421 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.64 
 
 
574 aa  340  2.9999999999999998e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.32 
 
 
439 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 
432 aa  339  4e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 
430 aa  338  7e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.45 
 
 
421 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.45 
 
 
421 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.45 
 
 
421 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.45 
 
 
421 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.7 
 
 
430 aa  338  9.999999999999999e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.64 
 
 
574 aa  338  9.999999999999999e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 
441 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.32 
 
 
439 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 
435 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.69 
 
 
421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 
430 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.35 
 
 
428 aa  336  5e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.13 
 
 
428 aa  334  2e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.35 
 
 
428 aa  333  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.35 
 
 
428 aa  333  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  44.7 
 
 
421 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.7 
 
 
421 aa  333  3e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.7 
 
 
421 aa  333  3e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  44.7 
 
 
421 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.7 
 
 
421 aa  333  3e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 
435 aa  333  3e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.7 
 
 
421 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.79 
 
 
423 aa  333  4e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.7 
 
 
421 aa  332  5e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.7 
 
 
421 aa  332  6e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.44 
 
 
421 aa  331  1e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.62 
 
 
439 aa  330  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.84 
 
 
440 aa  328  7e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.83 
 
 
437 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.21 
 
 
434 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.08 
 
 
438 aa  327  3e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.1 
 
 
544 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.09 
 
 
436 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.1 
 
 
544 aa  325  1e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.47 
 
 
439 aa  324  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.85 
 
 
504 aa  319  3.9999999999999996e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.85 
 
 
438 aa  319  5e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.92 
 
 
429 aa  318  7.999999999999999e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.21 
 
 
419 aa  318  9e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.24 
 
 
428 aa  316  5e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45 
 
 
421 aa  316  6e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1257  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.98 
 
 
460 aa  315  8e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.41988 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.6 
 
 
473 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.77 
 
 
434 aa  314  1.9999999999999998e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  42.67 
 
 
510 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1252  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.35 
 
 
479 aa  312  7.999999999999999e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.225431  normal  0.30978 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.71 
 
 
493 aa  309  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.91 
 
 
507 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.31 
 
 
545 aa  309  5.9999999999999995e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.09 
 
 
454 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  42.09 
 
 
454 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.09 
 
 
454 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.09 
 
 
455 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.09 
 
 
454 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  42.09 
 
 
454 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.09 
 
 
454 aa  308  8e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.09 
 
 
454 aa  308  8e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  43.05 
 
 
431 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>