More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0399 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.25 
 
 		 439 aa  763    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.84 
 
 		 435 aa  802    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.47 
 
 		 438 aa  769    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.91 
 
 		 435 aa  766    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  83.86 
 
 		 439 aa  760    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  86.88 
 
 		 441 aa  797    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.74 
 
 		 439 aa  773    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  85.51 
 
 		 432 aa  753    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.47 
 
 		 438 aa  768    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.47 
 
 		 438 aa  769    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  85.16 
 
 		 439 aa  773    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  85.16 
 
 		 439 aa  773    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.47 
 
 		 434 aa  743    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 		 436 aa  907    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.47 
 
 		 439 aa  769    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.47 
 
 		 438 aa  768    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.98 
 
 		 430 aa  610  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.74 
 
 		 430 aa  607  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.44 
 
 		 439 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.6 
 
 		 428 aa  598  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.05 
 
 		 438 aa  595  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.59 
 
 		 428 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.59 
 
 		 428 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  66.35 
 
 		 421 aa  594  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.35 
 
 		 421 aa  594  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.35 
 
 		 421 aa  594  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.97 
 
 		 437 aa  591  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.12 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.35 
 
 		 421 aa  594  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.91 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.96 
 
 		 421 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.96 
 
 		 421 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.35 
 
 		 421 aa  594  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.21 
 
 		 428 aa  594  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.35 
 
 		 421 aa  594  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.96 
 
 		 421 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.35 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.82 
 
 		 419 aa  593  1e-168  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.13 
 
 		 434 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  66.35 
 
 		 421 aa  594  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.96 
 
 		 421 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.73 
 
 		 421 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  71.07 
 
 		 418 aa  590  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.65 
 
 		 421 aa  589  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.19 
 
 		 423 aa  586  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.45 
 
 		 421 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  69.82 
 
 		 429 aa  561  1.0000000000000001e-159  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  63.32 
 
 		 428 aa  554  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.94 
 
 		 432 aa  484  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.89 
 
 		 440 aa  457  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.5 
 
 		 574 aa  443  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.89 
 
 		 574 aa  441  9.999999999999999e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  51.14 
 
 		 544 aa  435  1e-121  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  51.13 
 
 		 544 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.27 
 
 		 438 aa  433  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.95 
 
 		 430 aa  434  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  56.73 
 
 		 431 aa  424  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.24 
 
 		 475 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.18 
 
 		 443 aa  389  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.05 
 
 		 490 aa  391  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.88 
 
 		 482 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.45 
 
 		 451 aa  390  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.45 
 
 		 452 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  50.13 
 
 		 433 aa  385  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.9 
 
 		 438 aa  378  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.27 
 
 		 423 aa  366  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 		 483 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 		 480 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 		 480 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 		 489 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.9 
 
 		 533 aa  336  5e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.82 
 
 		 521 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.09 
 
 		 424 aa  334  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.97 
 
 		 507 aa  333  4e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.97 
 
 		 529 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 		 492 aa  332  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  46.74 
 
 		 384 aa  330  3e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.3 
 
 		 482 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 		 483 aa  329  6e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 		 397 aa  328  8e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.68 
 
 		 383 aa  327  3e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  46.2 
 
 		 396 aa  325  1e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.09 
 
 		 392 aa  325  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.59 
 
 		 464 aa  316  5e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  43.47 
 
 		 527 aa  297  2e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.4 
 
 		 452 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.01 
 
 		 504 aa  291  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.8 
 
 		 504 aa  290  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  38.85 
 
 		 492 aa  290  5.0000000000000004e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.26 
 
 		 441 aa  288  9e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.84 
 
 		 489 aa  288  9e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.8 
 
 		 493 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  40.56 
 
 		 445 aa  287  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1257  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.76 
 
 		 460 aa  288  2e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.41988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  38.96 
 
 		 491 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  39.95 
 
 		 495 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.82 
 
 		 439 aa  287  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.8 
 
 		 493 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.81 
 
 		 528 aa  286  5.999999999999999e-76  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0774  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.62 
 
 		 605 aa  286  5.999999999999999e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>