More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3432 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.01 
 
 
435 aa  769    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  85.19 
 
 
435 aa  761    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  94.29 
 
 
439 aa  863    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.85 
 
 
438 aa  858    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.62 
 
 
438 aa  857    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.65 
 
 
441 aa  778    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.85 
 
 
438 aa  858    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  84.74 
 
 
436 aa  773    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.62 
 
 
438 aa  857    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.12 
 
 
432 aa  773    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  94.98 
 
 
439 aa  867    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  94.98 
 
 
439 aa  867    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  83.61 
 
 
434 aa  738    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 
439 aa  909    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.61 
 
 
439 aa  859    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  83.64 
 
 
439 aa  766    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.49 
 
 
439 aa  615  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.2 
 
 
437 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.28 
 
 
428 aa  598  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.82 
 
 
438 aa  596  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.61 
 
 
421 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.61 
 
 
421 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.74 
 
 
434 aa  596  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.06 
 
 
428 aa  595  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.36 
 
 
419 aa  595  1e-169  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.61 
 
 
421 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.06 
 
 
430 aa  594  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.61 
 
 
421 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.6 
 
 
428 aa  595  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.06 
 
 
428 aa  595  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  67.14 
 
 
421 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.14 
 
 
421 aa  592  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.14 
 
 
421 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.14 
 
 
421 aa  592  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.14 
 
 
421 aa  592  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.37 
 
 
421 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.6 
 
 
430 aa  593  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.14 
 
 
421 aa  593  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  67.14 
 
 
421 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.68 
 
 
428 aa  593  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.9 
 
 
421 aa  590  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.14 
 
 
421 aa  590  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.66 
 
 
423 aa  585  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.51 
 
 
418 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.35 
 
 
421 aa  577  1.0000000000000001e-163  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.91 
 
 
421 aa  560  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  62.76 
 
 
428 aa  554  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.54 
 
 
429 aa  553  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.99 
 
 
432 aa  466  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.47 
 
 
440 aa  443  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.86 
 
 
574 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.66 
 
 
574 aa  434  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.74 
 
 
430 aa  431  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.88 
 
 
438 aa  424  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  51.6 
 
 
544 aa  423  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  56.2 
 
 
431 aa  419  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  52.11 
 
 
544 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.37 
 
 
475 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.16 
 
 
451 aa  388  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.19 
 
 
443 aa  383  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.57 
 
 
482 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.46 
 
 
490 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  49.87 
 
 
433 aa  379  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.28 
 
 
452 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.48 
 
 
438 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.19 
 
 
423 aa  358  9.999999999999999e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.52 
 
 
424 aa  347  2e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.72 
 
 
533 aa  347  2e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.32 
 
 
483 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 
521 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.32 
 
 
392 aa  340  4e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.28 
 
 
383 aa  337  2.9999999999999997e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.3 
 
 
482 aa  336  5e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.28 
 
 
507 aa  335  7e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.81 
 
 
480 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.81 
 
 
480 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.28 
 
 
529 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.81 
 
 
489 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 
492 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  45.62 
 
 
384 aa  330  3e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  45.62 
 
 
396 aa  330  4e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 
483 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 
397 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
464 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.22 
 
 
504 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.57 
 
 
484 aa  299  7e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  41.02 
 
 
492 aa  298  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.94 
 
 
452 aa  297  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3028  DEAD/DEAH box helicase-like  38.83 
 
 
506 aa  297  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.287974  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.34 
 
 
484 aa  296  5e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 
504 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.69 
 
 
487 aa  291  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  42.9 
 
 
527 aa  290  3e-77  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2718  DEAD/DEAH box helicase  38.42 
 
 
799 aa  290  4e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.370248  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  39.23 
 
 
516 aa  289  7e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2476  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.44 
 
 
461 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.753535  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0819  DEAD/DEAH box helicase  39.44 
 
 
461 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1252  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.1 
 
 
479 aa  287  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.225431  normal  0.30978 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
479 aa  287  2.9999999999999996e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.82 
 
 
459 aa  286  4e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>