More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4205 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  88.76 
 
 
421 aa  789    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  88.76 
 
 
421 aa  789    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  90.89 
 
 
428 aa  808    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  90.54 
 
 
423 aa  795    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.99 
 
 
421 aa  787    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.76 
 
 
421 aa  789    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  91.14 
 
 
428 aa  810    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.76 
 
 
421 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.35 
 
 
421 aa  773    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  88.76 
 
 
421 aa  789    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  73.54 
 
 
438 aa  643    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  91.59 
 
 
428 aa  818    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  70.21 
 
 
437 aa  635    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.99 
 
 
421 aa  787    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.52 
 
 
421 aa  785    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  90.89 
 
 
428 aa  808    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.99 
 
 
421 aa  787    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 
430 aa  894    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  72.41 
 
 
439 aa  654    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.52 
 
 
421 aa  786    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.76 
 
 
421 aa  789    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.99 
 
 
421 aa  787    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.76 
 
 
421 aa  789    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.52 
 
 
421 aa  787    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  91.12 
 
 
428 aa  813    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  98.14 
 
 
430 aa  881    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  71.16 
 
 
434 aa  632  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  71.88 
 
 
419 aa  627  1e-178  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.74 
 
 
436 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.13 
 
 
439 aa  598  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.97 
 
 
435 aa  599  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.9 
 
 
439 aa  598  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.68 
 
 
439 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.68 
 
 
439 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.05 
 
 
435 aa  597  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.6 
 
 
439 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.21 
 
 
438 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.21 
 
 
438 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.28 
 
 
438 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.09 
 
 
432 aa  592  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.28 
 
 
438 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.3 
 
 
441 aa  592  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.3 
 
 
439 aa  590  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.86 
 
 
434 aa  588  1e-167  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  69.97 
 
 
428 aa  578  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.45 
 
 
421 aa  568  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  63.46 
 
 
418 aa  560  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  69.05 
 
 
429 aa  550  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.08 
 
 
432 aa  461  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.96 
 
 
440 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  56 
 
 
574 aa  442  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.14 
 
 
574 aa  435  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.74 
 
 
430 aa  431  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  53.3 
 
 
544 aa  422  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  53.55 
 
 
544 aa  420  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.25 
 
 
438 aa  413  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  55.94 
 
 
431 aa  411  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  48.43 
 
 
433 aa  389  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.24 
 
 
452 aa  390  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.64 
 
 
451 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  50.25 
 
 
443 aa  384  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  51.36 
 
 
438 aa  382  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.36 
 
 
475 aa  384  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.14 
 
 
490 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.14 
 
 
482 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.28 
 
 
423 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 
483 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 
392 aa  336  5e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.64 
 
 
521 aa  336  5.999999999999999e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 
489 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 
482 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 
480 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 
480 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.1 
 
 
533 aa  335  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.63 
 
 
507 aa  332  5e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.9 
 
 
424 aa  332  8e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.63 
 
 
529 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.42 
 
 
383 aa  327  3e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.28 
 
 
492 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.01 
 
 
483 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  43.92 
 
 
384 aa  320  3e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.01 
 
 
397 aa  319  5e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  43.39 
 
 
396 aa  315  9e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.46 
 
 
464 aa  301  2e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15280  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.54 
 
 
611 aa  293  6e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.170483  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2013  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.04 
 
 
545 aa  292  7e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14682  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.43 
 
 
504 aa  291  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  42.61 
 
 
527 aa  291  2e-77  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.45 
 
 
443 aa  289  5.0000000000000004e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.74 
 
 
618 aa  288  1e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2450  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.02 
 
 
508 aa  288  2e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0131519  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.07 
 
 
493 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.13 
 
 
452 aa  286  5.999999999999999e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2796  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.38 
 
 
423 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.8 
 
 
493 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0396  superfamily II DNA/RNA helicase  42.15 
 
 
551 aa  283  6.000000000000001e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.76 
 
 
528 aa  282  9e-75  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.8 
 
 
439 aa  280  4e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2718  DEAD/DEAH box helicase  39.61 
 
 
799 aa  280  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.370248  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1257  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.94 
 
 
460 aa  280  5e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.41988 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>