More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4144 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.82 
 
 
421 aa  820    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  99.52 
 
 
421 aa  866    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  99.52 
 
 
421 aa  866    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  96.91 
 
 
421 aa  846    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  89.02 
 
 
428 aa  793    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.08 
 
 
428 aa  788    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.79 
 
 
428 aa  793    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.42 
 
 
423 aa  772    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  96.91 
 
 
421 aa  846    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  96.67 
 
 
421 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  99.29 
 
 
421 aa  864    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.99 
 
 
430 aa  790    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.79 
 
 
428 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  96.91 
 
 
421 aa  846    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  99.52 
 
 
421 aa  866    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  99.29 
 
 
421 aa  863    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 
421 aa  872    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  99.52 
 
 
421 aa  866    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  73.52 
 
 
437 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  74.35 
 
 
439 aa  655    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  75.54 
 
 
438 aa  654    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.79 
 
 
428 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  99.52 
 
 
421 aa  866    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  99.52 
 
 
421 aa  866    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  96.91 
 
 
421 aa  846    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.52 
 
 
430 aa  786    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  71.73 
 
 
434 aa  628  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  71.36 
 
 
419 aa  620  1e-176  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.96 
 
 
435 aa  598  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.7 
 
 
439 aa  593  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.35 
 
 
436 aa  594  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.53 
 
 
438 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.74 
 
 
438 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.14 
 
 
439 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.53 
 
 
438 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.9 
 
 
439 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.9 
 
 
439 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.74 
 
 
438 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.21 
 
 
439 aa  593  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.95 
 
 
432 aa  590  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.95 
 
 
435 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.73 
 
 
441 aa  585  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.11 
 
 
434 aa  587  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  70.48 
 
 
428 aa  580  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.02 
 
 
439 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.61 
 
 
421 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  62.77 
 
 
418 aa  552  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  69.05 
 
 
429 aa  544  1e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.56 
 
 
432 aa  466  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.75 
 
 
440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.75 
 
 
574 aa  442  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.89 
 
 
574 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.23 
 
 
430 aa  432  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  52.81 
 
 
544 aa  419  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  53.06 
 
 
544 aa  418  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  56.99 
 
 
431 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.14 
 
 
438 aa  413  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.64 
 
 
452 aa  394  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.03 
 
 
490 aa  385  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.03 
 
 
482 aa  385  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.12 
 
 
451 aa  388  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.37 
 
 
475 aa  383  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.66 
 
 
443 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  51.75 
 
 
433 aa  378  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.79 
 
 
438 aa  374  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.93 
 
 
423 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.48 
 
 
483 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.72 
 
 
424 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.68 
 
 
533 aa  335  5.999999999999999e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 
480 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 
489 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 
480 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.7 
 
 
392 aa  332  7.000000000000001e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 
482 aa  332  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.96 
 
 
507 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.96 
 
 
521 aa  329  6e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.96 
 
 
529 aa  329  7e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.15 
 
 
383 aa  327  3e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.55 
 
 
492 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  44.59 
 
 
384 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.74 
 
 
483 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.74 
 
 
397 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  44.33 
 
 
396 aa  317  4e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.09 
 
 
464 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 
504 aa  294  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2013  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.48 
 
 
545 aa  288  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14682  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  41.76 
 
 
527 aa  286  7e-76  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2796  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.24 
 
 
423 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0396  superfamily II DNA/RNA helicase  42.31 
 
 
551 aa  283  4.0000000000000003e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  43.24 
 
 
447 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.2 
 
 
452 aa  283  5.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.8 
 
 
493 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.18 
 
 
443 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  43.51 
 
 
449 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.48 
 
 
528 aa  280  3e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.59 
 
 
452 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.16 
 
 
556 aa  280  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.68 
 
 
489 aa  279  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.21 
 
 
482 aa  279  8e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.89 
 
 
491 aa  278  9e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>