More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_3077 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_3077  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
297 aa  600  1.0000000000000001e-171  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000192537  normal  0.0402909 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.3 
 
 
290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  41.43 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
296 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
306 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  40.83 
 
 
296 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  41.94 
 
 
299 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  41.85 
 
 
308 aa  207  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  39.53 
 
 
299 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  39.53 
 
 
299 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.14 
 
 
299 aa  206  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
297 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  39.19 
 
 
299 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.2 
 
 
285 aa  204  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  39.73 
 
 
303 aa  203  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  41.35 
 
 
279 aa  204  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  39.19 
 
 
299 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.13 
 
 
303 aa  203  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  39.19 
 
 
299 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  38.85 
 
 
299 aa  203  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  38.85 
 
 
299 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  41.95 
 
 
297 aa  201  9e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  41.95 
 
 
297 aa  201  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  36.96 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  40.53 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.75 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.57 
 
 
340 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  41.39 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  41.57 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  39.04 
 
 
299 aa  199  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  39.72 
 
 
295 aa  199  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  40.88 
 
 
302 aa  199  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  39.35 
 
 
301 aa  199  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  41.83 
 
 
287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.75 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.95 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.37 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
302 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  41.61 
 
 
301 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  38.77 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
300 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  40.37 
 
 
303 aa  195  8.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  39.51 
 
 
281 aa  195  9e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  40.74 
 
 
303 aa  195  9e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
295 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  38.23 
 
 
291 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  40.37 
 
 
303 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  39.25 
 
 
280 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  40.23 
 
 
284 aa  193  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
288 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
288 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  37.68 
 
 
300 aa  190  2e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  39.63 
 
 
286 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  39.92 
 
 
280 aa  190  2.9999999999999997e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  38.29 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  36.75 
 
 
285 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.93 
 
 
307 aa  188  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  39.41 
 
 
298 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.97 
 
 
309 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  39.15 
 
 
288 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.73 
 
 
280 aa  186  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  38.43 
 
 
288 aa  186  5e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
277 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  37.68 
 
 
297 aa  186  5e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  38.24 
 
 
301 aa  186  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0136  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
286 aa  186  6e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.27298  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  36.53 
 
 
298 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  36.53 
 
 
298 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  41.51 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  36.7 
 
 
285 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  38.75 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  37.91 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  38.87 
 
 
307 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  36.12 
 
 
285 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  36.53 
 
 
298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  38.33 
 
 
283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.87 
 
 
307 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  36.3 
 
 
285 aa  182  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  35.96 
 
 
285 aa  182  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.87 
 
 
307 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  37.11 
 
 
285 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  40.75 
 
 
311 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  38.3 
 
 
282 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  35.15 
 
 
285 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
311 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  38.55 
 
 
329 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  40.98 
 
 
311 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  35.15 
 
 
285 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>