More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0497 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0497  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein  100 
 
 
167 aa  344  3e-94  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000219168  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  73.49 
 
 
452 aa  269  2e-71  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  38.89 
 
 
416 aa  104  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  38.89 
 
 
416 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  37.5 
 
 
416 aa  101  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  37.5 
 
 
416 aa  101  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  37.5 
 
 
416 aa  101  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  37.5 
 
 
416 aa  101  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  37.5 
 
 
416 aa  101  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  37.5 
 
 
416 aa  101  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  37.5 
 
 
416 aa  101  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  36 
 
 
416 aa  101  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  36.88 
 
 
415 aa  100  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  37.5 
 
 
416 aa  100  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  36.17 
 
 
415 aa  100  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  36.81 
 
 
416 aa  100  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  36 
 
 
415 aa  99  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  34.62 
 
 
425 aa  98.2  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  34.67 
 
 
416 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  36.88 
 
 
415 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  36.88 
 
 
415 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  33.97 
 
 
429 aa  95.1  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  36 
 
 
416 aa  94.7  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  33.97 
 
 
429 aa  94.4  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  33.33 
 
 
423 aa  94.4  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  34.03 
 
 
423 aa  94.4  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  34.67 
 
 
416 aa  94  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  33.97 
 
 
429 aa  94  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  37.04 
 
 
415 aa  93.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  36.88 
 
 
412 aa  91.3  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  35.37 
 
 
425 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.7 
 
 
415 aa  90.1  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  34.03 
 
 
416 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 
290 aa  89  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  34.03 
 
 
416 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  34.03 
 
 
416 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.55 
 
 
425 aa  87.8  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  33.55 
 
 
425 aa  87.8  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  31.94 
 
 
417 aa  86.7  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  34.72 
 
 
416 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  34.03 
 
 
416 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  33.33 
 
 
425 aa  85.1  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  33.8 
 
 
426 aa  84.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.92 
 
 
422 aa  84.3  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  34.01 
 
 
425 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  31.33 
 
 
409 aa  83.6  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  33.8 
 
 
425 aa  83.6  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  28.3 
 
 
425 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  33.8 
 
 
334 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.29 
 
 
413 aa  81.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.29 
 
 
413 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  33.56 
 
 
425 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  30.67 
 
 
410 aa  80.5  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  31.97 
 
 
425 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  29.37 
 
 
396 aa  79.7  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  32.39 
 
 
409 aa  79.7  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.68 
 
 
433 aa  79  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  31.58 
 
 
425 aa  79  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  30.67 
 
 
410 aa  78.6  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  30.19 
 
 
411 aa  78.6  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.92 
 
 
405 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  31.03 
 
 
413 aa  77  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.95 
 
 
406 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.17 
 
 
423 aa  75.9  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.63 
 
 
406 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  31.25 
 
 
416 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1834  CAIB/BAIF family CoA transferase  26.28 
 
 
479 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.29 
 
 
406 aa  74.7  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.4 
 
 
407 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.63 
 
 
406 aa  74.3  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  29.8 
 
 
416 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.72 
 
 
406 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1536  CAIB/BAIF family CoA transferase  29.11 
 
 
500 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157029  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  26.97 
 
 
418 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0556868  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  25.32 
 
 
413 aa  72.8  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.69 
 
 
423 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1357  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.41 
 
 
227 aa  73.2  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77249  normal  0.914113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.29 
 
 
403 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  27.16 
 
 
406 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.16 
 
 
406 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  25 
 
 
412 aa  71.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.965976 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2070  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  26.97 
 
 
409 aa  72  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.840357  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.57 
 
 
418 aa  71.2  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.41 
 
 
406 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  25.49 
 
 
406 aa  71.2  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325325  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2196  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  26.32 
 
 
434 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.57 
 
 
418 aa  70.9  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.41 
 
 
406 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5468  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.29 
 
 
398 aa  70.9  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.105901  normal  0.979191 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.36 
 
 
380 aa  70.9  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.45 
 
 
413 aa  70.9  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1550  hypothetical protein  23.68 
 
 
395 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.61 
 
 
395 aa  70.5  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3005  putative L-carnitine dehydratase/bileacid- inducible protein F  26.32 
 
 
405 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  26.9 
 
 
411 aa  70.1  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  29.41 
 
 
406 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  29.41 
 
 
406 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.03 
 
 
406 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.27 
 
 
415 aa  69.7  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1541  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  25.66 
 
 
395 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.843016  normal  0.199128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>