More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3212 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  83.91 
 
 
381 aa  654    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
380 aa  773    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3236  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.35 
 
 
387 aa  333  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.160834  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.37 
 
 
415 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.76 
 
 
407 aa  279  6e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.05 
 
 
375 aa  277  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.73 
 
 
407 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.58 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.41 
 
 
413 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
401 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00555753  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.84 
 
 
392 aa  271  1e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  38.18 
 
 
406 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.18 
 
 
406 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.3 
 
 
415 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.05 
 
 
391 aa  269  7e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
406 aa  268  8e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.92 
 
 
406 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  38.86 
 
 
448 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
406 aa  267  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.66 
 
 
452 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.47 
 
 
384 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.4 
 
 
406 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.8 
 
 
407 aa  264  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.14 
 
 
406 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
384 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.2 
 
 
406 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.72 
 
 
426 aa  262  8e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.66 
 
 
406 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
405 aa  261  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.62 
 
 
426 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  37.89 
 
 
407 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
390 aa  261  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  38.18 
 
 
406 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  38.18 
 
 
544 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 
406 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  37.89 
 
 
407 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  38.18 
 
 
406 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  38.18 
 
 
406 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  38.18 
 
 
406 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  38.18 
 
 
577 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  38.18 
 
 
568 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.29 
 
 
415 aa  259  7e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  38.44 
 
 
406 aa  259  8e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.69 
 
 
406 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  36.69 
 
 
406 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.76 
 
 
418 aa  258  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.76 
 
 
418 aa  258  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  39.84 
 
 
383 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  36.69 
 
 
406 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.89 
 
 
407 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.14 
 
 
408 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  39.89 
 
 
411 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.2 
 
 
406 aa  256  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
415 aa  256  4e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
406 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
406 aa  256  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.79 
 
 
390 aa  256  4e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  39.21 
 
 
389 aa  256  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.21 
 
 
406 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.83 
 
 
413 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.32 
 
 
390 aa  256  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.95 
 
 
407 aa  256  6e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  39.52 
 
 
411 aa  255  8e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  38.42 
 
 
390 aa  255  8e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.71 
 
 
430 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  36.88 
 
 
413 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  36.88 
 
 
413 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.53 
 
 
388 aa  253  3e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.08 
 
 
424 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.02 
 
 
419 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.97 
 
 
387 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  38.34 
 
 
401 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
406 aa  252  8.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.14 
 
 
406 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.11 
 
 
381 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  37.92 
 
 
406 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
393 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
409 aa  251  2e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  36.43 
 
 
450 aa  250  3e-65  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.92 
 
 
368 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.55 
 
 
434 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2336  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
401 aa  250  4e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000535701  normal  0.0935751 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.71 
 
 
389 aa  249  5e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  39.18 
 
 
381 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  37.67 
 
 
396 aa  249  6e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.53 
 
 
406 aa  249  7e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.52 
 
 
419 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  36.13 
 
 
422 aa  249  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  36.86 
 
 
421 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.33 
 
 
416 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.24 
 
 
399 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.48 
 
 
382 aa  247  2e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
408 aa  248  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.79 
 
 
390 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
413 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.83 
 
 
402 aa  247  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.43 
 
 
402 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0221  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.02 
 
 
414 aa  247  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.1 
 
 
433 aa  246  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.88 
 
 
407 aa  246  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>