More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3677 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  100 
 
 
390 aa  797    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  56.76 
 
 
389 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.41 
 
 
384 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.47 
 
 
402 aa  408  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.56 
 
 
407 aa  316  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.03 
 
 
435 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.01 
 
 
411 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.04 
 
 
406 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.99 
 
 
407 aa  306  5.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.59 
 
 
406 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.04 
 
 
406 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.47 
 
 
399 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  40.57 
 
 
406 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.99 
 
 
407 aa  303  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.89 
 
 
416 aa  302  8.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  41.04 
 
 
411 aa  302  8.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.16 
 
 
426 aa  301  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  40.31 
 
 
406 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
406 aa  300  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.93 
 
 
390 aa  300  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.87 
 
 
406 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
406 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  41.47 
 
 
393 aa  300  4e-80  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.39 
 
 
434 aa  299  6e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.33 
 
 
407 aa  299  7e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.05 
 
 
411 aa  298  9e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.98 
 
 
418 aa  298  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  41.21 
 
 
381 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.16 
 
 
423 aa  298  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
416 aa  297  2e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  41.21 
 
 
381 aa  297  2e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.98 
 
 
418 aa  297  3e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
407 aa  296  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.54 
 
 
424 aa  296  6e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.64 
 
 
390 aa  295  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  40 
 
 
389 aa  295  7e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  40.57 
 
 
406 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
404 aa  294  2e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  40.53 
 
 
393 aa  294  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.22 
 
 
391 aa  293  5e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  40.98 
 
 
411 aa  292  7e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.47 
 
 
395 aa  292  7e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.36 
 
 
415 aa  292  8e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  38.5 
 
 
407 aa  291  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
381 aa  291  9e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.27 
 
 
406 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.26 
 
 
394 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  40.26 
 
 
395 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  40.46 
 
 
448 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.59 
 
 
413 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  40.05 
 
 
425 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.88 
 
 
413 aa  290  3e-77  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.59 
 
 
406 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.03 
 
 
409 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  37.98 
 
 
407 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
386 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  39.59 
 
 
406 aa  289  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.58 
 
 
395 aa  289  7e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.73 
 
 
406 aa  289  8e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  40.58 
 
 
412 aa  288  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  38.24 
 
 
406 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
415 aa  287  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  38.24 
 
 
577 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  38.24 
 
 
406 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  38.24 
 
 
406 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
406 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.73 
 
 
433 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  38.24 
 
 
544 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  38.22 
 
 
396 aa  288  2e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.78 
 
 
393 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  38.24 
 
 
568 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  38.24 
 
 
406 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.48 
 
 
426 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  37.66 
 
 
390 aa  286  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.06 
 
 
389 aa  286  5e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  40.94 
 
 
401 aa  286  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  40.85 
 
 
406 aa  285  7e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.05 
 
 
374 aa  285  7e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.53 
 
 
413 aa  285  7e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  40.31 
 
 
420 aa  285  8e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
407 aa  285  9e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.48 
 
 
415 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.76 
 
 
452 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.38 
 
 
422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.95 
 
 
406 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.8 
 
 
405 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.58 
 
 
400 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  40.42 
 
 
383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.47 
 
 
395 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  41.05 
 
 
396 aa  283  5.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
406 aa  282  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.94 
 
 
415 aa  282  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  40.79 
 
 
396 aa  282  8.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.76 
 
 
406 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
419 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  39.02 
 
 
413 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  39.02 
 
 
413 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.58 
 
 
388 aa  281  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.95 
 
 
406 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
381 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>