More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4648 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  97.54 
 
 
406 aa  796    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  84.54 
 
 
405 aa  673    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  93.6 
 
 
406 aa  765    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  83.79 
 
 
403 aa  661    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  83.04 
 
 
406 aa  666    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
406 aa  813    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  69.08 
 
 
411 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.15 
 
 
416 aa  508  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.72 
 
 
406 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.89 
 
 
415 aa  455  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  49 
 
 
411 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.97 
 
 
395 aa  387  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.4 
 
 
395 aa  345  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  44.16 
 
 
396 aa  338  9.999999999999999e-92  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  47.07 
 
 
396 aa  333  4e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.88 
 
 
416 aa  332  9e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.13 
 
 
399 aa  332  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.07 
 
 
423 aa  330  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.5 
 
 
411 aa  329  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.77 
 
 
415 aa  327  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  46.06 
 
 
396 aa  325  1e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.25 
 
 
400 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.81 
 
 
390 aa  322  9.000000000000001e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  41.62 
 
 
412 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.07 
 
 
426 aa  320  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.95 
 
 
407 aa  318  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  41.62 
 
 
406 aa  317  3e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  41.73 
 
 
393 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.65 
 
 
388 aa  311  1e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.44 
 
 
433 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  38.54 
 
 
413 aa  306  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  38.54 
 
 
413 aa  306  3e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.58 
 
 
394 aa  306  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.2 
 
 
413 aa  305  1.0000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.49 
 
 
415 aa  304  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  40.58 
 
 
395 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.09 
 
 
381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  46.07 
 
 
381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  42.59 
 
 
390 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.88 
 
 
409 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  39.76 
 
 
544 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  39.76 
 
 
577 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  39.76 
 
 
568 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.38 
 
 
407 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.25 
 
 
413 aa  303  5.000000000000001e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  41.56 
 
 
420 aa  302  6.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  41.12 
 
 
393 aa  302  8.000000000000001e-81  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.21 
 
 
405 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.47 
 
 
418 aa  301  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  39.12 
 
 
390 aa  301  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.27 
 
 
406 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
407 aa  301  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  38.64 
 
 
418 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
407 aa  300  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.78 
 
 
406 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.84 
 
 
435 aa  299  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  43.11 
 
 
401 aa  299  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
406 aa  299  7e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  42.13 
 
 
421 aa  299  7e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.76 
 
 
424 aa  299  7e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.78 
 
 
390 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
407 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
407 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.51 
 
 
406 aa  297  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  39.51 
 
 
406 aa  296  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.53 
 
 
406 aa  296  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.15 
 
 
381 aa  295  7e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39 
 
 
418 aa  295  7e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
434 aa  295  7e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.64 
 
 
418 aa  295  7e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.6 
 
 
381 aa  295  9e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.31 
 
 
389 aa  295  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  38.27 
 
 
406 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.27 
 
 
406 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
452 aa  293  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  40.55 
 
 
420 aa  293  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.02 
 
 
406 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
413 aa  292  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
406 aa  292  7e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.51 
 
 
415 aa  292  8e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  42.86 
 
 
381 aa  290  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.02 
 
 
426 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  42.86 
 
 
381 aa  290  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.38 
 
 
384 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
406 aa  289  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.34 
 
 
415 aa  289  6e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.67 
 
 
393 aa  289  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.24 
 
 
411 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
407 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  38.27 
 
 
407 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.81 
 
 
406 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.3 
 
 
407 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  38.27 
 
 
407 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.99 
 
 
375 aa  288  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
419 aa  287  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
406 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>