More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4086 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
390 aa  787    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.89 
 
 
389 aa  617  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.9 
 
 
410 aa  529  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.86 
 
 
386 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.5 
 
 
382 aa  430  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.03 
 
 
386 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  50.4 
 
 
422 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  48.12 
 
 
396 aa  358  6e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  48.97 
 
 
401 aa  352  5e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  47.31 
 
 
381 aa  332  9e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  47.03 
 
 
381 aa  330  3e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  47.03 
 
 
381 aa  330  4e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.03 
 
 
381 aa  330  4e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  47.03 
 
 
381 aa  330  4e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  47.03 
 
 
381 aa  330  4e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  47.03 
 
 
381 aa  330  4e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  46.74 
 
 
381 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.22 
 
 
415 aa  326  5e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.97 
 
 
388 aa  325  7e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  46.44 
 
 
396 aa  325  1e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.42 
 
 
415 aa  321  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  45.91 
 
 
396 aa  318  1e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.33 
 
 
409 aa  316  5e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  43.54 
 
 
423 aa  314  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  43.72 
 
 
389 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.5 
 
 
404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.06 
 
 
413 aa  311  9e-84  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.38 
 
 
407 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  41.03 
 
 
413 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  41.03 
 
 
413 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.68 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.48 
 
 
423 aa  308  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.86 
 
 
407 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.08 
 
 
392 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.78 
 
 
418 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.44 
 
 
387 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.93 
 
 
434 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.15 
 
 
412 aa  301  1e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  41.56 
 
 
406 aa  301  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  41.82 
 
 
406 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.79 
 
 
424 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
406 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
406 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.31 
 
 
413 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.01 
 
 
375 aa  301  2e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.18 
 
 
418 aa  300  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  45.09 
 
 
416 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.3 
 
 
406 aa  298  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.78 
 
 
406 aa  298  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.46 
 
 
415 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.09 
 
 
435 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  40.98 
 
 
406 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  40.98 
 
 
406 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  44.7 
 
 
421 aa  296  4e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  40.98 
 
 
406 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  40.92 
 
 
544 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.6 
 
 
406 aa  296  5e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  41.04 
 
 
406 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  40.92 
 
 
577 aa  295  6e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  41.64 
 
 
390 aa  295  6e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.13 
 
 
413 aa  296  6e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  40.92 
 
 
568 aa  295  6e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.34 
 
 
406 aa  295  8e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.21 
 
 
419 aa  295  9e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
406 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
452 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.72 
 
 
426 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.41 
 
 
433 aa  294  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.52 
 
 
406 aa  294  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.52 
 
 
406 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.26 
 
 
406 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.61 
 
 
368 aa  293  5e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.48 
 
 
406 aa  292  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.09 
 
 
394 aa  291  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.15 
 
 
426 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.93 
 
 
407 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.78 
 
 
395 aa  291  1e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  40.58 
 
 
418 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.75 
 
 
384 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.52 
 
 
406 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
423 aa  290  4e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.12 
 
 
415 aa  290  4e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.09 
 
 
413 aa  290  4e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.78 
 
 
407 aa  290  4e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  41.86 
 
 
420 aa  289  6e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.16 
 
 
413 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.58 
 
 
418 aa  288  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
401 aa  288  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.89 
 
 
400 aa  288  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2772  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.84 
 
 
399 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.350013  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.12 
 
 
405 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.9 
 
 
415 aa  287  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1834  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.93 
 
 
479 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  40.16 
 
 
393 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.65 
 
 
403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.03 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  41.87 
 
 
389 aa  283  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2070  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44 
 
 
409 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.840357  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1193  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.72 
 
 
394 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.058782  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  40.1 
 
 
381 aa  282  8.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>