More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_1258 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
389 aa  795    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.89 
 
 
390 aa  617  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.98 
 
 
410 aa  511  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.57 
 
 
386 aa  472  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.28 
 
 
382 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.16 
 
 
386 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  49.08 
 
 
422 aa  371  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  48.4 
 
 
396 aa  363  2e-99  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  45.95 
 
 
401 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  45.75 
 
 
381 aa  330  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  45.48 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.48 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  45.48 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  45.48 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  45.48 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  45.48 
 
 
381 aa  328  8e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  45.21 
 
 
381 aa  327  3e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.15 
 
 
404 aa  318  9e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.09 
 
 
388 aa  317  2e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.16 
 
 
407 aa  317  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  44.3 
 
 
396 aa  315  9e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.93 
 
 
419 aa  315  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
395 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.17 
 
 
415 aa  313  4.999999999999999e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  43.77 
 
 
396 aa  312  6.999999999999999e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.46 
 
 
415 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.46 
 
 
415 aa  310  4e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.67 
 
 
389 aa  309  5e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.5 
 
 
387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.98 
 
 
434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.27 
 
 
407 aa  307  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.41 
 
 
409 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.94 
 
 
435 aa  305  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  42.15 
 
 
418 aa  305  7e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.45 
 
 
394 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  39.6 
 
 
413 aa  303  5.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
406 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  39.6 
 
 
413 aa  303  5.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  44.19 
 
 
421 aa  301  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
433 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.56 
 
 
412 aa  301  2e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  40.52 
 
 
406 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.14 
 
 
424 aa  300  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.76 
 
 
391 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.52 
 
 
406 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
426 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.85 
 
 
406 aa  299  6e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.88 
 
 
418 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2070  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.64 
 
 
409 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.840357  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
577 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
544 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  44.18 
 
 
416 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1834  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.01 
 
 
479 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  39.74 
 
 
406 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
568 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  39.35 
 
 
427 aa  297  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.58 
 
 
406 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  40.62 
 
 
390 aa  296  5e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
413 aa  296  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.79 
 
 
406 aa  295  8e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.31 
 
 
406 aa  295  9e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.73 
 
 
413 aa  295  1e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.18 
 
 
413 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.28 
 
 
392 aa  294  2e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
452 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.46 
 
 
400 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.54 
 
 
406 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  40.41 
 
 
423 aa  293  5e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.14 
 
 
406 aa  293  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.83 
 
 
407 aa  292  7e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.72 
 
 
423 aa  292  7e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.82 
 
 
426 aa  291  9e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.05 
 
 
375 aa  291  9e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
399 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.26 
 
 
418 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0556868  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  39.64 
 
 
448 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.48 
 
 
406 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  41.07 
 
 
389 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.4 
 
 
406 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.29 
 
 
384 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.87 
 
 
393 aa  291  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
418 aa  290  3e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
381 aa  290  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
418 aa  290  3e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.26 
 
 
401 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3005  putative L-carnitine dehydratase/bileacid- inducible protein F  41.58 
 
 
405 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.99 
 
 
400 aa  290  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
406 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
415 aa  290  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
406 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.53 
 
 
413 aa  289  5.0000000000000004e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.43 
 
 
406 aa  288  8e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.43 
 
 
413 aa  288  8e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
415 aa  288  9e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.89 
 
 
403 aa  288  9e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
407 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>