More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0118 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  86.7 
 
 
406 aa  725    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  84.73 
 
 
406 aa  701    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  84.73 
 
 
406 aa  709    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
406 aa  826    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  80.49 
 
 
407 aa  682    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  86.7 
 
 
406 aa  723    Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.02 
 
 
407 aa  665    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  81.48 
 
 
407 aa  690    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.7 
 
 
406 aa  725    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.95 
 
 
406 aa  726    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.36 
 
 
407 aa  604  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.88 
 
 
407 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.4 
 
 
415 aa  580  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.78 
 
 
433 aa  548  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2579  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.05 
 
 
425 aa  549  1e-155  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000133596 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.04 
 
 
406 aa  541  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  63.55 
 
 
577 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  63.55 
 
 
544 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  64.04 
 
 
406 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  63.55 
 
 
568 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  63.55 
 
 
406 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  63.55 
 
 
406 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.84 
 
 
452 aa  534  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  63.55 
 
 
406 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  63.55 
 
 
406 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  64.78 
 
 
420 aa  534  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  63.34 
 
 
406 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.34 
 
 
406 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.34 
 
 
406 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.33 
 
 
406 aa  531  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.84 
 
 
406 aa  530  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  61.58 
 
 
406 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.04 
 
 
406 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  61.76 
 
 
425 aa  525  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.33 
 
 
406 aa  521  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.81 
 
 
406 aa  522  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  61.04 
 
 
435 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  59.11 
 
 
427 aa  520  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.84 
 
 
426 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.34 
 
 
406 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.71 
 
 
413 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.44 
 
 
418 aa  508  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.95 
 
 
418 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.8 
 
 
434 aa  502  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.48 
 
 
426 aa  504  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.64 
 
 
407 aa  499  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.7 
 
 
430 aa  500  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.7 
 
 
450 aa  495  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.91 
 
 
406 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.7 
 
 
428 aa  495  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.71 
 
 
424 aa  494  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  59.36 
 
 
448 aa  496  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.01 
 
 
422 aa  492  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.68 
 
 
407 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.73 
 
 
433 aa  491  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.17 
 
 
415 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.76 
 
 
415 aa  478  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.05 
 
 
415 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  57.25 
 
 
390 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  58.82 
 
 
421 aa  474  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.58 
 
 
407 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.73 
 
 
415 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.58 
 
 
407 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  55.67 
 
 
413 aa  462  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.04 
 
 
411 aa  461  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  55.67 
 
 
413 aa  462  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.95 
 
 
391 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.34 
 
 
407 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.8 
 
 
413 aa  456  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.49 
 
 
399 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6156  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.8 
 
 
409 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  57.87 
 
 
401 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.99 
 
 
390 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.7 
 
 
393 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.3 
 
 
409 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.29 
 
 
390 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.7 
 
 
390 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.66 
 
 
400 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  57.07 
 
 
389 aa  431  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  56.61 
 
 
381 aa  421  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.26 
 
 
368 aa  418  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  56.61 
 
 
381 aa  421  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.18 
 
 
381 aa  420  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4232  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.47 
 
 
372 aa  418  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.61 
 
 
381 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  55.61 
 
 
381 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  48.76 
 
 
408 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  54.4 
 
 
383 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.81 
 
 
375 aa  410  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.95 
 
 
385 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.42 
 
 
388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.61 
 
 
381 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.76 
 
 
413 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.6 
 
 
446 aa  402  1e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.63 
 
 
406 aa  403  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325325  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.44 
 
 
394 aa  401  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4411  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55 
 
 
381 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.544796 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.96 
 
 
412 aa  397  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.76 
 
 
409 aa  395  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.97 
 
 
374 aa  395  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>