More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2751 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  75.5 
 
 
411 aa  645    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
416 aa  854    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.21 
 
 
423 aa  605  9.999999999999999e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.31 
 
 
426 aa  600  1e-170  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.84 
 
 
394 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  71.16 
 
 
395 aa  581  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  70.42 
 
 
393 aa  576  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.33 
 
 
395 aa  480  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.3 
 
 
395 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.67 
 
 
406 aa  346  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.46 
 
 
416 aa  343  4e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  45.43 
 
 
411 aa  338  8e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.33 
 
 
406 aa  333  3e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.13 
 
 
418 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  43.29 
 
 
393 aa  333  5e-90  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.81 
 
 
405 aa  332  9e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.88 
 
 
406 aa  332  9e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.88 
 
 
406 aa  330  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  41.88 
 
 
418 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43 
 
 
419 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.97 
 
 
413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.06 
 
 
406 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
415 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.88 
 
 
403 aa  320  3e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.54 
 
 
415 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.61 
 
 
407 aa  317  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
407 aa  315  7e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.77 
 
 
404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.59 
 
 
407 aa  312  6.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.04 
 
 
395 aa  312  9e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  41.27 
 
 
396 aa  311  2e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.91 
 
 
434 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.4 
 
 
433 aa  309  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.14 
 
 
435 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.16 
 
 
384 aa  308  9e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  41.16 
 
 
396 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.11 
 
 
406 aa  306  6e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  42.57 
 
 
420 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  43.12 
 
 
389 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  41.19 
 
 
406 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
395 aa  302  8.000000000000001e-81  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  42.89 
 
 
390 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
406 aa  302  9e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  40.94 
 
 
406 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.18 
 
 
414 aa  301  1e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.67 
 
 
446 aa  301  1e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.21 
 
 
407 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.97 
 
 
409 aa  301  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
407 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  40.4 
 
 
396 aa  301  2e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  41.6 
 
 
416 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3486  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.46 
 
 
420 aa  299  5e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.290572 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  41.13 
 
 
411 aa  298  8e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.95 
 
 
406 aa  298  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
406 aa  298  9e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.2 
 
 
452 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  40.2 
 
 
407 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
406 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  40.9 
 
 
412 aa  298  2e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.36 
 
 
407 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.54 
 
 
413 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  40.2 
 
 
407 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10503  conserved hypothetical protein  39.49 
 
 
442 aa  296  4e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0354311  normal  0.124736 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  42.78 
 
 
382 aa  296  4e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.94 
 
 
406 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.73 
 
 
392 aa  296  5e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  41.1 
 
 
406 aa  296  5e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4145  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  39.75 
 
 
414 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0869104  normal  0.342052 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.6 
 
 
407 aa  295  9e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  41.16 
 
 
420 aa  295  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.5 
 
 
415 aa  295  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.68 
 
 
410 aa  294  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
406 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.81 
 
 
413 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
406 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.71 
 
 
406 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  38.71 
 
 
406 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.08 
 
 
418 aa  292  8e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.59 
 
 
418 aa  291  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  38.46 
 
 
427 aa  291  1e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  39.01 
 
 
406 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.45 
 
 
406 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.64 
 
 
410 aa  290  2e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.21 
 
 
406 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
406 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3530  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.13 
 
 
415 aa  290  5.0000000000000004e-77  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
411 aa  289  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
407 aa  289  7e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.28 
 
 
402 aa  288  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  38.94 
 
 
544 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.63 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  38.94 
 
 
406 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  38.94 
 
 
577 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  39.45 
 
 
406 aa  287  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  38.94 
 
 
568 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  38.94 
 
 
406 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  38.94 
 
 
406 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  38.94 
 
 
406 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.21 
 
 
406 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.89 
 
 
408 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>