More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1429 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  100 
 
 
422 aa  871    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.24 
 
 
386 aa  396  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.98 
 
 
410 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.51 
 
 
382 aa  390  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.4 
 
 
390 aa  382  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.47 
 
 
386 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.08 
 
 
389 aa  371  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  46.7 
 
 
396 aa  365  1e-99  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  42.56 
 
 
381 aa  326  5e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  42.3 
 
 
381 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.3 
 
 
381 aa  323  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  42.3 
 
 
381 aa  323  3e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  42.3 
 
 
381 aa  323  3e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  42.3 
 
 
381 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  42.3 
 
 
381 aa  323  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  42.3 
 
 
381 aa  323  5e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.15 
 
 
409 aa  316  6e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.97 
 
 
435 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  41.16 
 
 
401 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.8 
 
 
413 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
419 aa  310  4e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0395  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.82 
 
 
399 aa  308  1.0000000000000001e-82  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000919685 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.59 
 
 
415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.62 
 
 
407 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
407 aa  306  6e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.11 
 
 
415 aa  303  3.0000000000000004e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.78 
 
 
415 aa  303  6.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.11 
 
 
418 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  42.11 
 
 
418 aa  302  9e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  39.43 
 
 
390 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
434 aa  300  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.26 
 
 
433 aa  298  9e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.14 
 
 
413 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  41.51 
 
 
381 aa  298  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.27 
 
 
404 aa  298  1e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  39.54 
 
 
427 aa  298  1e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  41.51 
 
 
381 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
407 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  38.01 
 
 
406 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  38.01 
 
 
406 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  39.09 
 
 
544 aa  296  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  39.09 
 
 
577 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  39.09 
 
 
568 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  38.79 
 
 
406 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  38.79 
 
 
406 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  38.79 
 
 
406 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
406 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  38.54 
 
 
406 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  39.54 
 
 
448 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.97 
 
 
407 aa  294  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  38.54 
 
 
406 aa  293  4e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  37.63 
 
 
406 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  41.62 
 
 
416 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.04 
 
 
406 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8461  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.35 
 
 
387 aa  290  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472879  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.99 
 
 
406 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.19 
 
 
406 aa  289  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
388 aa  289  6e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.88 
 
 
406 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
407 aa  288  1e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.34 
 
 
387 aa  288  1e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  39.69 
 
 
393 aa  288  1e-76  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.53 
 
 
406 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.76 
 
 
406 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.78 
 
 
426 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.91 
 
 
452 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.24 
 
 
406 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.39 
 
 
415 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  37.5 
 
 
406 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
406 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  39.36 
 
 
421 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.16 
 
 
426 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.48 
 
 
406 aa  285  9e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  38.36 
 
 
413 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.2 
 
 
399 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  38.36 
 
 
413 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.02 
 
 
393 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
381 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.67 
 
 
391 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.33 
 
 
390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  40.47 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2156  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.49 
 
 
407 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.27 
 
 
406 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  38.58 
 
 
425 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37 
 
 
406 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.12 
 
 
424 aa  282  6.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  39.54 
 
 
423 aa  282  7.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.73 
 
 
406 aa  282  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
418 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.31 
 
 
415 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  38.52 
 
 
420 aa  281  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.96 
 
 
389 aa  281  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.27 
 
 
423 aa  281  2e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.4 
 
 
413 aa  280  3e-74  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
418 aa  280  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.95 
 
 
388 aa  280  4e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.91 
 
 
400 aa  279  7e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  39.95 
 
 
385 aa  279  8e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.89 
 
 
415 aa  279  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.3 
 
 
401 aa  278  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>