More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2997 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  100 
 
 
419 aa  851    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  78.25 
 
 
407 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.5 
 
 
407 aa  640    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.25 
 
 
429 aa  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78 
 
 
407 aa  620  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  49.23 
 
 
396 aa  337  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  47.98 
 
 
396 aa  336  5.999999999999999e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.09 
 
 
394 aa  322  6e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.71 
 
 
404 aa  316  6e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.27 
 
 
388 aa  313  4.999999999999999e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43 
 
 
415 aa  313  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.01 
 
 
415 aa  312  7.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.93 
 
 
382 aa  310  2e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2605  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.79 
 
 
400 aa  309  6.999999999999999e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0482771 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.24 
 
 
411 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.96 
 
 
385 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  44.53 
 
 
544 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  44.53 
 
 
577 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.58 
 
 
433 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  44.53 
 
 
568 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  44.53 
 
 
406 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.43 
 
 
395 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.17066  normal  0.946229 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  44.53 
 
 
406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  42.82 
 
 
406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  44.53 
 
 
406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  44.53 
 
 
406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.35 
 
 
413 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  40.97 
 
 
418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.58 
 
 
406 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  40.91 
 
 
396 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.85 
 
 
415 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  43.21 
 
 
406 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0566  formyl-CoA transferase  45.41 
 
 
387 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  0.594324 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.58 
 
 
406 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.6 
 
 
419 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.42 
 
 
415 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
452 aa  300  3e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.48 
 
 
418 aa  300  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  44.27 
 
 
421 aa  300  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  45.14 
 
 
385 aa  300  4e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.95 
 
 
406 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.16 
 
 
394 aa  299  6e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  43.5 
 
 
411 aa  299  7e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.17 
 
 
418 aa  299  8e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.46 
 
 
418 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  44.47 
 
 
420 aa  298  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.7 
 
 
407 aa  298  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.5 
 
 
426 aa  298  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  42.05 
 
 
407 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  41.91 
 
 
406 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.65 
 
 
406 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.09 
 
 
406 aa  297  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4785  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
408 aa  296  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.436174  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.93 
 
 
407 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  41.31 
 
 
406 aa  296  6e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0845  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.99 
 
 
431 aa  295  7e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0637303 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.95 
 
 
416 aa  296  7e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.09 
 
 
426 aa  295  7e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.88 
 
 
406 aa  295  9e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.56 
 
 
395 aa  295  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.84 
 
 
424 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.83 
 
 
410 aa  295  1e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.44 
 
 
393 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.34 
 
 
389 aa  294  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.24 
 
 
406 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.88 
 
 
434 aa  294  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  41.69 
 
 
412 aa  294  2e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  41.56 
 
 
407 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.47 
 
 
406 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
406 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  41.02 
 
 
425 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  40.25 
 
 
420 aa  293  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
387 aa  293  4e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.39 
 
 
435 aa  293  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  43.07 
 
 
406 aa  292  8e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.63 
 
 
406 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  43.15 
 
 
383 aa  291  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
413 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
406 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1550  hypothetical protein  41.73 
 
 
395 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.32 
 
 
407 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.63 
 
 
446 aa  290  4e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.34 
 
 
415 aa  290  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.99 
 
 
418 aa  289  6e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0556868  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
406 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.27 
 
 
410 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  43.19 
 
 
401 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  41.31 
 
 
411 aa  288  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.38 
 
 
392 aa  287  2e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.55 
 
 
368 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.25 
 
 
405 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39 
 
 
395 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  44.79 
 
 
381 aa  286  4e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.62 
 
 
412 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
406 aa  286  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.79 
 
 
381 aa  286  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  39.01 
 
 
427 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17820  hypothetical protein  41.98 
 
 
395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.94 
 
 
406 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>