More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2399 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
389 aa  773    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.23 
 
 
407 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.83 
 
 
388 aa  375  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  50.53 
 
 
406 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.53 
 
 
406 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  52.41 
 
 
411 aa  368  1e-101  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  50.26 
 
 
406 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.47 
 
 
407 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0845  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.39 
 
 
431 aa  365  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0637303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
433 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.81 
 
 
409 aa  367  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5748  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  53.91 
 
 
395 aa  367  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681269  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.19 
 
 
407 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  50.76 
 
 
421 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.28 
 
 
415 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.47 
 
 
406 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
406 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.95 
 
 
415 aa  363  3e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  50.26 
 
 
406 aa  363  3e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  50.26 
 
 
406 aa  362  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  50.26 
 
 
406 aa  362  4e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  50.26 
 
 
406 aa  362  4e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  50.26 
 
 
544 aa  362  8e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  50.26 
 
 
577 aa  361  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.68 
 
 
406 aa  361  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  50.26 
 
 
568 aa  361  1e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  50 
 
 
406 aa  360  2e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  49.21 
 
 
407 aa  360  3e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  49.47 
 
 
435 aa  360  3e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.42 
 
 
406 aa  360  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.98 
 
 
394 aa  360  3e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.4 
 
 
402 aa  359  5e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  48.95 
 
 
407 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  49.6 
 
 
406 aa  359  6e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.6 
 
 
406 aa  358  6e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  51.21 
 
 
396 aa  358  9e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.86 
 
 
387 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  48.66 
 
 
389 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.95 
 
 
452 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.6 
 
 
406 aa  355  5e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  48.28 
 
 
406 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
407 aa  355  7.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.33 
 
 
402 aa  355  1e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.3 
 
 
415 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.42 
 
 
407 aa  353  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  50.4 
 
 
401 aa  353  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.06 
 
 
418 aa  352  5e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.06 
 
 
418 aa  352  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.61 
 
 
407 aa  352  5e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  47.63 
 
 
427 aa  351  1e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.8 
 
 
391 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.47 
 
 
434 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.6 
 
 
415 aa  351  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  45.83 
 
 
450 aa  349  5e-95  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.07 
 
 
401 aa  348  7e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  49.87 
 
 
396 aa  348  8e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.42 
 
 
406 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  46.61 
 
 
418 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.53 
 
 
424 aa  347  2e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  48.16 
 
 
406 aa  346  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.16 
 
 
406 aa  346  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.53 
 
 
406 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  47.63 
 
 
413 aa  345  7e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
406 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  47.63 
 
 
413 aa  345  7e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.75 
 
 
446 aa  345  8e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.54 
 
 
401 aa  345  8e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.56 
 
 
407 aa  345  8.999999999999999e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.7 
 
 
426 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.89 
 
 
406 aa  344  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.28 
 
 
385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.66 
 
 
410 aa  343  2.9999999999999997e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.4 
 
 
401 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289281  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.52 
 
 
392 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.81 
 
 
390 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  48.31 
 
 
425 aa  343  4e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  49.21 
 
 
401 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  49.21 
 
 
401 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8461  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.39 
 
 
387 aa  342  5e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472879  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  49.21 
 
 
401 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.34 
 
 
418 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.16 
 
 
406 aa  342  7e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
374 aa  342  7e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6218  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.92 
 
 
401 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50881  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  48.94 
 
 
401 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  49.21 
 
 
401 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  48.94 
 
 
401 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.58 
 
 
402 aa  340  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  48.94 
 
 
401 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.89 
 
 
422 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  48.94 
 
 
401 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  50.53 
 
 
420 aa  339  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.63 
 
 
418 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.85 
 
 
419 aa  338  9.999999999999999e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  45.69 
 
 
448 aa  337  9.999999999999999e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.92 
 
 
401 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.251841  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.68 
 
 
406 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  45.38 
 
 
413 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.92 
 
 
401 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0831367  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  47.85 
 
 
423 aa  336  5e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>