More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2027 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  90.35 
 
 
425 aa  800    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  78.25 
 
 
429 aa  692    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  79.38 
 
 
415 aa  679    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  80.47 
 
 
425 aa  720    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  76.03 
 
 
415 aa  655    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  78.61 
 
 
416 aa  670    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  84.24 
 
 
425 aa  743    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  78.96 
 
 
429 aa  698    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  84.47 
 
 
425 aa  753    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  97.65 
 
 
425 aa  863    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  93.16 
 
 
426 aa  826    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  79.08 
 
 
415 aa  665    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  84.47 
 
 
425 aa  748    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.12 
 
 
425 aa  706    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  79.38 
 
 
415 aa  679    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  82.01 
 
 
415 aa  708    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 
425 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  81.53 
 
 
415 aa  706    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  78.25 
 
 
429 aa  693    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  93.65 
 
 
425 aa  832    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  89.22 
 
 
334 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  70.26 
 
 
412 aa  614  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  65.55 
 
 
416 aa  544  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  65.79 
 
 
416 aa  543  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  65.79 
 
 
416 aa  543  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  65.55 
 
 
416 aa  542  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  65.55 
 
 
416 aa  542  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  66.1 
 
 
417 aa  543  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  66.03 
 
 
416 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  65.31 
 
 
416 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  65.07 
 
 
416 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  65.78 
 
 
416 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  64.83 
 
 
416 aa  536  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  64.11 
 
 
416 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  62.89 
 
 
410 aa  528  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  62.32 
 
 
410 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  63.98 
 
 
423 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  63.27 
 
 
423 aa  519  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  60.34 
 
 
409 aa  506  9.999999999999999e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  61.81 
 
 
425 aa  500  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  62.44 
 
 
416 aa  498  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  62.44 
 
 
416 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  56.35 
 
 
409 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.1 
 
 
290 aa  391  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  45.52 
 
 
452 aa  355  1e-96  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.74 
 
 
284 aa  264  3e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.54 
 
 
395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  35.08 
 
 
396 aa  239  8e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.42 
 
 
407 aa  237  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.79 
 
 
416 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  34.84 
 
 
396 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 
419 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.49 
 
 
415 aa  229  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.29 
 
 
413 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.47 
 
 
395 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  33.75 
 
 
395 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  33.17 
 
 
404 aa  226  6e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.28 
 
 
406 aa  225  9e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.87 
 
 
410 aa  225  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.29 
 
 
396 aa  224  2e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 
406 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.88 
 
 
406 aa  224  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.83 
 
 
394 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.29 
 
 
426 aa  223  6e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  33.73 
 
 
406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  33.73 
 
 
577 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  33.65 
 
 
544 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  33.73 
 
 
568 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  33.73 
 
 
406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  33.73 
 
 
406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  33.73 
 
 
406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  33.18 
 
 
427 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.13 
 
 
395 aa  221  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  32.91 
 
 
393 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.02 
 
 
407 aa  221  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
424 aa  219  8.999999999999998e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.57 
 
 
406 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  32.01 
 
 
418 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.02 
 
 
416 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.06 
 
 
423 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  32.86 
 
 
406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.25 
 
 
382 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5721  putative Formyl-CoA transferase  33.1 
 
 
396 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.01 
 
 
418 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  32.29 
 
 
398 aa  216  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.03 
 
 
412 aa  216  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.46 
 
 
406 aa  216  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.74 
 
 
386 aa  216  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.48 
 
 
388 aa  215  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  33.56 
 
 
421 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 
398 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.02 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>