More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3108 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  99.7 
 
 		 425 aa  689    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  90.69 
 
 		 426 aa  634    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  100 
 
 		 334 aa  691    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  89.22 
 
 		 425 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  88.92 
 
 		 425 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  89.22 
 
 		 425 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  83.23 
 
 		 425 aa  591  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  82.34 
 
 		 425 aa  585  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  81.74 
 
 		 425 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  79.94 
 
 		 425 aa  566  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  77.84 
 
 		 425 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  77.84 
 
 		 429 aa  545  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  76.65 
 
 		 429 aa  541  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  79.75 
 
 		 415 aa  542  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  76.65 
 
 		 429 aa  540  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  79.75 
 
 		 415 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  78.53 
 
 		 415 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  78.53 
 
 		 415 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  75.47 
 
 		 415 aa  508  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  76.56 
 
 		 415 aa  504  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  75.46 
 
 		 416 aa  504  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  69.63 
 
 		 412 aa  479  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  64.4 
 
 		 417 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  65.12 
 
 		 416 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  62.39 
 
 		 416 aa  401  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  62.39 
 
 		 416 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  60.62 
 
 		 410 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  62.39 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  63 
 
 		 416 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  63 
 
 		 416 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.45 
 
 		 290 aa  395  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  62.39 
 
 		 416 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  62.08 
 
 		 416 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  62.69 
 
 		 416 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  62.69 
 
 		 416 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  62.39 
 
 		 416 aa  395  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  61.75 
 
 		 423 aa  393  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  59.08 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  60.24 
 
 		 423 aa  386  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  55.38 
 
 		 409 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  57.83 
 
 		 425 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  58.72 
 
 		 416 aa  360  2e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  58.72 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  58.72 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  58.72 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  58.72 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  58.72 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  58.72 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  58.72 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  58.72 
 
 		 416 aa  359  4e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  54.6 
 
 		 409 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  41.84 
 
 		 452 aa  249  6e-65  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.19 
 
 		 395 aa  164  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.23 
 
 		 395 aa  162  7e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32 
 
 		 410 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.09 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.65 
 
 		 416 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  30.21 
 
 		 413 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.5 
 
 		 419 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.82 
 
 		 407 aa  153  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.33 
 
 		 415 aa  151  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  30.89 
 
 		 406 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.93 
 
 		 423 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.68 
 
 		 395 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  30.58 
 
 		 544 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  30.58 
 
 		 577 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  30.28 
 
 		 406 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  30.28 
 
 		 406 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  30.28 
 
 		 406 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  30.28 
 
 		 406 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  30.58 
 
 		 568 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.63 
 
 		 413 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  33.54 
 
 		 400 aa  149  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.02 
 
 		 406 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  31.12 
 
 		 406 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  30.79 
 
 		 396 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5721  putative Formyl-CoA transferase  30.56 
 
 		 396 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.43 
 
 		 398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  30.58 
 
 		 396 aa  146  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 		 423 aa  146  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.22 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.49 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  29.43 
 
 		 413 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  28.61 
 
 		 418 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  29.43 
 
 		 413 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.51 
 
 		 406 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.53 
 
 		 407 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.42 
 
 		 412 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  30.53 
 
 		 407 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.7 
 
 		 407 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.53 
 
 		 429 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.21 
 
 		 406 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  31.42 
 
 		 418 aa  142  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.61 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  29.09 
 
 		 404 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  32.01 
 
 		 413 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04230  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G06250)  29.18 
 
 		 446 aa  140  3e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0128507  normal  0.310252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  29.91 
 
 		 406 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  28.96 
 
 		 398 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  28.21 
 
 		 393 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>