More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4486 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  78.15 
 
 		 416 aa  655    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  82.34 
 
 		 416 aa  694    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  77.43 
 
 		 416 aa  649    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  77.67 
 
 		 416 aa  650    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  78.38 
 
 		 416 aa  652    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  78.01 
 
 		 417 aa  655    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  78.15 
 
 		 416 aa  655    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  82.42 
 
 		 416 aa  693    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  89.36 
 
 		 423 aa  768    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  82.42 
 
 		 416 aa  694    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  78.62 
 
 		 416 aa  652    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  81 
 
 		 425 aa  687    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  79.1 
 
 		 416 aa  661    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 		 423 aa  883    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  81.24 
 
 		 416 aa  686    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  66.19 
 
 		 415 aa  585  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  65.8 
 
 		 415 aa  586  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  66.19 
 
 		 415 aa  585  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  66.03 
 
 		 415 aa  586  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  65.07 
 
 		 416 aa  559  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  63.51 
 
 		 425 aa  552  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  63.74 
 
 		 426 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  63.98 
 
 		 425 aa  550  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  63.03 
 
 		 425 aa  550  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.18 
 
 		 425 aa  546  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  66.51 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  66.51 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  66.51 
 
 		 416 aa  541  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  62.8 
 
 		 425 aa  541  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  66.51 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  63.03 
 
 		 425 aa  543  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  66.51 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  60.48 
 
 		 415 aa  544  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  66.51 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  66.51 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  63.98 
 
 		 425 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  66.51 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  62.56 
 
 		 425 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  62.65 
 
 		 429 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  63.03 
 
 		 425 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  61.52 
 
 		 415 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  66.27 
 
 		 416 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  62.23 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  62.23 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  59.62 
 
 		 412 aa  524  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  54.85 
 
 		 410 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  54.37 
 
 		 410 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  51.31 
 
 		 409 aa  429  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  49.29 
 
 		 409 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  50.24 
 
 		 452 aa  409  1e-113  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  60.24 
 
 		 334 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.44 
 
 		 290 aa  384  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.4 
 
 		 284 aa  309  5e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 		 410 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.7 
 
 		 419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.84 
 
 		 395 aa  218  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.9 
 
 		 413 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1218  formyl-coenzyme A transferase  84.48 
 
 		 117 aa  212  9e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.437775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.19 
 
 		 423 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.52 
 
 		 416 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 		 388 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.53 
 
 		 406 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 		 422 aa  204  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  33.89 
 
 		 419 aa  203  4e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.9 
 
 		 395 aa  202  7e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.48 
 
 		 433 aa  202  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.81 
 
 		 403 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.55 
 
 		 407 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.17 
 
 		 452 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.64 
 
 		 413 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  31.8 
 
 		 425 aa  199  7e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.56 
 
 		 418 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.56 
 
 		 418 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.65 
 
 		 415 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  32.78 
 
 		 396 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.26 
 
 		 415 aa  196  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  31.33 
 
 		 448 aa  196  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.93 
 
 		 406 aa  196  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325325  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.86 
 
 		 415 aa  196  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.01 
 
 		 406 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  32.48 
 
 		 406 aa  196  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  32.01 
 
 		 406 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.18 
 
 		 415 aa  196  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.01 
 
 		 406 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  32.24 
 
 		 577 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  32.24 
 
 		 544 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  30.58 
 
 		 427 aa  195  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  32.33 
 
 		 408 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  32.24 
 
 		 568 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.9 
 
 		 429 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04230  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G06250)  31.55 
 
 		 446 aa  194  2e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0128507  normal  0.310252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  31.69 
 
 		 406 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  32.24 
 
 		 406 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  32.24 
 
 		 406 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  32.24 
 
 		 406 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.7 
 
 		 405 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.71 
 
 		 426 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  30.86 
 
 		 435 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  31.44 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  30.9 
 
 		 407 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>