More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1218 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1218  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 		 117 aa  243  4e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.437775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  97.44 
 
 		 416 aa  240  3.9999999999999997e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  86.32 
 
 		 416 aa  217  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  86.32 
 
 		 416 aa  218  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  85.47 
 
 		 416 aa  217  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  86.32 
 
 		 416 aa  215  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  85.47 
 
 		 416 aa  214  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  85.47 
 
 		 416 aa  214  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  85.47 
 
 		 416 aa  214  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  86.21 
 
 		 423 aa  214  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  84.62 
 
 		 416 aa  213  7e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  84.62 
 
 		 416 aa  212  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  84.48 
 
 		 423 aa  213  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  84.48 
 
 		 417 aa  210  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  82.05 
 
 		 416 aa  209  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  81.58 
 
 		 425 aa  205  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  74.36 
 
 		 425 aa  197  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  76.07 
 
 		 415 aa  197  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  76.07 
 
 		 415 aa  197  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  77.78 
 
 		 415 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  77.78 
 
 		 415 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  75.21 
 
 		 426 aa  196  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  74.36 
 
 		 425 aa  195  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  74.36 
 
 		 425 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  74.36 
 
 		 415 aa  194  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  73.5 
 
 		 415 aa  193  8.000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  73.5 
 
 		 425 aa  192  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 416 aa  192  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  72.65 
 
 		 425 aa  191  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  74.14 
 
 		 416 aa  190  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 425 aa  188  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  70.94 
 
 		 425 aa  187  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.79 
 
 		 425 aa  188  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  70.94 
 
 		 425 aa  185  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  70.94 
 
 		 412 aa  183  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  72.17 
 
 		 410 aa  181  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  69.83 
 
 		 410 aa  179  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  67.83 
 
 		 429 aa  177  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  67.83 
 
 		 429 aa  177  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  67.83 
 
 		 429 aa  177  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  63.25 
 
 		 409 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  57.26 
 
 		 409 aa  151  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.14 
 
 		 284 aa  146  9e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  57.02 
 
 		 452 aa  146  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  51.75 
 
 		 419 aa  131  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.75 
 
 		 422 aa  130  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.69 
 
 		 388 aa  126  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  46.15 
 
 		 396 aa  115  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.61 
 
 		 399 aa  114  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.607597  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  46.15 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3782  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.25 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  47.37 
 
 		 381 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.25 
 
 		 389 aa  112  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.22 
 
 		 416 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.97 
 
 		 407 aa  110  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.49 
 
 		 410 aa  110  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  46.49 
 
 		 381 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.49 
 
 		 381 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  46.49 
 
 		 381 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  47.83 
 
 		 395 aa  109  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  46.49 
 
 		 381 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.22 
 
 		 423 aa  109  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.38 
 
 		 407 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  46.49 
 
 		 381 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  43.86 
 
 		 412 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  46.49 
 
 		 381 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  41.38 
 
 		 406 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.25 
 
 		 410 aa  109  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  43.86 
 
 		 406 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.38 
 
 		 406 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  43.86 
 
 		 398 aa  109  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.22 
 
 		 411 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  48.33 
 
 		 448 aa  108  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  45.22 
 
 		 404 aa  108  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.17 
 
 		 418 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.54 
 
 		 435 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  46.9 
 
 		 413 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  46.49 
 
 		 381 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2729  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.22 
 
 		 395 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.13 
 
 		 419 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.77 
 
 		 414 aa  108  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.4 
 
 		 413 aa  108  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.17 
 
 		 418 aa  108  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.5 
 
 		 395 aa  108  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.17066  normal  0.946229 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  43.75 
 
 		 450 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  44.35 
 
 		 418 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  42.24 
 
 		 404 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4145  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  46.4 
 
 		 414 aa  107  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0869104  normal  0.342052 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  40.52 
 
 		 407 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.52 
 
 		 407 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6023  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.66 
 
 		 403 aa  107  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46838  normal  0.424375 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.22 
 
 		 418 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>