More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2499 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  72.53 
 
 
415 aa  649    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  77.05 
 
 
416 aa  681    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  77.83 
 
 
415 aa  688    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  74.7 
 
 
415 aa  661    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  74.22 
 
 
415 aa  660    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  73.01 
 
 
415 aa  650    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  100 
 
 
412 aa  859    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  73.01 
 
 
415 aa  650    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  70.74 
 
 
425 aa  626  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  73.7 
 
 
425 aa  619  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  70.74 
 
 
425 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  71.19 
 
 
425 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  70.26 
 
 
425 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  70.74 
 
 
425 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  72.95 
 
 
425 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  70.26 
 
 
425 aa  608  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  69.54 
 
 
426 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.74 
 
 
425 aa  605  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  70.76 
 
 
429 aa  595  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  70.69 
 
 
429 aa  596  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  70.76 
 
 
429 aa  595  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  64.66 
 
 
416 aa  541  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  64.58 
 
 
417 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 
416 aa  535  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  63.94 
 
 
416 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 
416 aa  536  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  63.94 
 
 
416 aa  536  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  63.46 
 
 
416 aa  534  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 
416 aa  534  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  63.22 
 
 
416 aa  527  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  63.22 
 
 
416 aa  527  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  62.74 
 
 
416 aa  527  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  63.17 
 
 
416 aa  523  1e-147  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
423 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  59.61 
 
 
410 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  59.62 
 
 
423 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  58.77 
 
 
410 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  60.19 
 
 
425 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  59.32 
 
 
409 aa  492  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  60.1 
 
 
416 aa  488  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  69.63 
 
 
334 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  55.93 
 
 
409 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.93 
 
 
290 aa  401  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  47.61 
 
 
452 aa  363  2e-99  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.53 
 
 
284 aa  276  4e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.19 
 
 
395 aa  242  9e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.15 
 
 
406 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.4 
 
 
416 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.26 
 
 
407 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 
413 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.78 
 
 
416 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
426 aa  216  8e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.69 
 
 
396 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.59 
 
 
423 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
410 aa  214  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.13 
 
 
409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  33.57 
 
 
544 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.36 
 
 
406 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  33.57 
 
 
577 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  33.57 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  33.57 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  33.57 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.57 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325325  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  33.57 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  33.57 
 
 
568 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.01 
 
 
413 aa  213  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.98 
 
 
423 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.96 
 
 
407 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.72 
 
 
429 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  34.72 
 
 
407 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.38 
 
 
395 aa  211  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.72 
 
 
415 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.31 
 
 
415 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.02 
 
 
450 aa  209  9e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.18 
 
 
406 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.4 
 
 
428 aa  207  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.79 
 
 
433 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.1 
 
 
418 aa  206  7e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.25 
 
 
418 aa  206  7e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  32.94 
 
 
404 aa  206  9e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
395 aa  206  9e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.01 
 
 
397 aa  205  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.1 
 
 
452 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  34.12 
 
 
413 aa  204  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  32.61 
 
 
396 aa  203  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.51 
 
 
406 aa  203  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.59 
 
 
422 aa  203  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.24 
 
 
407 aa  202  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.69 
 
 
398 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1527  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.05 
 
 
391 aa  202  9e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.351028  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.57 
 
 
407 aa  202  9e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>