More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1217 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  98.14 
 
 		 429 aa  871    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  79.67 
 
 		 425 aa  706    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.07 
 
 		 425 aa  689    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  100 
 
 		 429 aa  883    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  79.67 
 
 		 425 aa  710    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  74.7 
 
 		 415 aa  641    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  84.16 
 
 		 425 aa  758    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  77.07 
 
 		 425 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  77.49 
 
 		 426 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  99.77 
 
 		 429 aa  881    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  75.18 
 
 		 415 aa  644    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  78.25 
 
 		 425 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  78.72 
 
 		 425 aa  699    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  77.54 
 
 		 425 aa  687    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  79.67 
 
 		 425 aa  707    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  73.8 
 
 		 415 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  73.8 
 
 		 415 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  74.22 
 
 		 416 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  76.63 
 
 		 415 aa  629  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  73.04 
 
 		 415 aa  613  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  70.76 
 
 		 412 aa  595  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  76.65 
 
 		 334 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  62.93 
 
 		 417 aa  514  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  62.5 
 
 		 416 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  62.09 
 
 		 423 aa  517  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  62.5 
 
 		 416 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  63.04 
 
 		 416 aa  512  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  62.59 
 
 		 416 aa  514  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  65.24 
 
 		 416 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  63.04 
 
 		 416 aa  512  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  64.47 
 
 		 416 aa  513  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  62.11 
 
 		 416 aa  509  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  64.72 
 
 		 416 aa  510  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  62.83 
 
 		 416 aa  511  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  60.58 
 
 		 416 aa  505  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  60.9 
 
 		 423 aa  504  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  59.04 
 
 		 409 aa  499  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  60.62 
 
 		 425 aa  498  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  59.9 
 
 		 410 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  58.94 
 
 		 410 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  59.9 
 
 		 416 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  59.9 
 
 		 416 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  59.9 
 
 		 416 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  59.9 
 
 		 416 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  59.9 
 
 		 416 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  60.14 
 
 		 416 aa  474  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  59.9 
 
 		 416 aa  472  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  59.9 
 
 		 416 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  59.9 
 
 		 416 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  57.69 
 
 		 409 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.01 
 
 		 290 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  47.62 
 
 		 452 aa  365  1e-99  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.11 
 
 		 284 aa  259  4e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.17 
 
 		 413 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.08 
 
 		 415 aa  237  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.69 
 
 		 419 aa  237  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  36.96 
 
 		 396 aa  233  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.95 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  35.99 
 
 		 396 aa  231  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  35.93 
 
 		 577 aa  229  9e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.1 
 
 		 544 aa  229  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  35.93 
 
 		 568 aa  229  9e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  35.89 
 
 		 406 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  35.89 
 
 		 406 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  35.89 
 
 		 406 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  35.89 
 
 		 406 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.68 
 
 		 424 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  34.05 
 
 		 404 aa  226  7e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.81 
 
 		 415 aa  226  7e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.92 
 
 		 406 aa  226  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.51 
 
 		 407 aa  225  9e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  34.66 
 
 		 413 aa  225  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  34.66 
 
 		 413 aa  225  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.21 
 
 		 395 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  35.92 
 
 		 406 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  34.26 
 
 		 427 aa  224  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.43 
 
 		 413 aa  224  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 		 407 aa  224  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.54 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.54 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  35.21 
 
 		 406 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.19 
 
 		 423 aa  223  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.65 
 
 		 413 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  36.64 
 
 		 413 aa  222  9e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.23 
 
 		 423 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  34.08 
 
 		 422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.21 
 
 		 409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  34.3 
 
 		 402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.27 
 
 		 452 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.88 
 
 		 395 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  35.49 
 
 		 406 aa  219  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  33.5 
 
 		 402 aa  218  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.89 
 
 		 406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.89 
 
 		 433 aa  217  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  36.56 
 
 		 400 aa  216  4e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.37 
 
 		 395 aa  217  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  35.55 
 
 		 418 aa  216  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.66 
 
 		 406 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.8 
 
 		 415 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.5 
 
 		 406 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>