More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4361 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  85.37 
 
 
410 aa  739    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 
410 aa  845    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  67.08 
 
 
409 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  66.67 
 
 
409 aa  540  9.999999999999999e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  62.8 
 
 
415 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  62.56 
 
 
415 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  62.47 
 
 
415 aa  534  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  62.47 
 
 
415 aa  534  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  63.24 
 
 
415 aa  528  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  62.89 
 
 
425 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  62.65 
 
 
425 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  62.41 
 
 
426 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  61.93 
 
 
425 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  61.93 
 
 
425 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.8 
 
 
425 aa  522  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 
425 aa  522  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  61.69 
 
 
425 aa  519  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  61.93 
 
 
425 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  61.93 
 
 
425 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  60.58 
 
 
416 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  59.27 
 
 
415 aa  504  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  59.61 
 
 
412 aa  503  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  59.86 
 
 
429 aa  494  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  59.9 
 
 
429 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  59.9 
 
 
429 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  57.11 
 
 
416 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  55.42 
 
 
416 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  55.9 
 
 
416 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  55.9 
 
 
416 aa  450  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  56.14 
 
 
416 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  56.39 
 
 
416 aa  450  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  56.39 
 
 
416 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  55.18 
 
 
416 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  56.14 
 
 
416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  55.18 
 
 
416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  54.85 
 
 
423 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  54.74 
 
 
417 aa  443  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  53.88 
 
 
416 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  52.96 
 
 
423 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  53.4 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  53.4 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  53.4 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  52.24 
 
 
425 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  53.4 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  53.4 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  53.4 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  53.4 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  53.64 
 
 
416 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  53.4 
 
 
416 aa  415  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  59.08 
 
 
334 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  44.26 
 
 
452 aa  320  3.9999999999999996e-86  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.86 
 
 
290 aa  290  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.35 
 
 
284 aa  246  6e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.11 
 
 
395 aa  241  1e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.71 
 
 
415 aa  239  5.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.77 
 
 
406 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
426 aa  236  6e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  36.43 
 
 
406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  36.19 
 
 
406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  38.39 
 
 
396 aa  233  3e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  38.21 
 
 
413 aa  233  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.95 
 
 
406 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.8 
 
 
424 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  38.71 
 
 
401 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.84 
 
 
423 aa  230  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.61 
 
 
415 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.12 
 
 
407 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.79 
 
 
435 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.63 
 
 
433 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.8 
 
 
410 aa  226  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  35.17 
 
 
398 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
412 aa  226  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.95 
 
 
407 aa  225  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.22 
 
 
407 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.65 
 
 
406 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.11 
 
 
413 aa  224  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  35 
 
 
406 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.04 
 
 
416 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.77 
 
 
397 aa  222  8e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  35.41 
 
 
406 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  35.41 
 
 
406 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.89 
 
 
423 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  35.41 
 
 
406 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  35.41 
 
 
406 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  35.65 
 
 
544 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.24 
 
 
406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  34.44 
 
 
427 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35 
 
 
406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.68 
 
 
406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  35.65 
 
 
577 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.05 
 
 
423 aa  220  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  35.65 
 
 
568 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  34.4 
 
 
395 aa  220  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.28 
 
 
452 aa  219  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.56 
 
 
411 aa  219  8.999999999999998e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  35.01 
 
 
406 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.7 
 
 
415 aa  219  8.999999999999998e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
396 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
422 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
396 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>