More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_1298 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  100 
 
 
381 aa  794    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
381 aa  794    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  99.21 
 
 
381 aa  788    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  99.48 
 
 
381 aa  790    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  99.74 
 
 
381 aa  792    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  100 
 
 
381 aa  794    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  100 
 
 
381 aa  794    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  100 
 
 
381 aa  794    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.73 
 
 
415 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.87 
 
 
386 aa  355  7.999999999999999e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.92 
 
 
382 aa  355  1e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.35 
 
 
410 aa  342  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.64 
 
 
386 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.03 
 
 
390 aa  330  4e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.48 
 
 
389 aa  329  5.0000000000000004e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0395  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  44.33 
 
 
399 aa  325  6e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000919685 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  42.3 
 
 
422 aa  323  3e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  43.54 
 
 
396 aa  323  4e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.96 
 
 
413 aa  305  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  41.64 
 
 
416 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  38.1 
 
 
393 aa  292  9e-78  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  38.68 
 
 
418 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  39.89 
 
 
381 aa  290  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  39.89 
 
 
381 aa  290  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
418 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.52 
 
 
307 aa  285  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.426898  hitchhiker  0.00610054 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.17 
 
 
423 aa  282  6.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
388 aa  281  2e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.83 
 
 
387 aa  280  4e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.89 
 
 
409 aa  278  8e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  38.95 
 
 
423 aa  278  8e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.78 
 
 
412 aa  278  1e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.44 
 
 
435 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.95 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8461  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.26 
 
 
387 aa  273  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472879  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.08 
 
 
413 aa  273  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.64 
 
 
390 aa  273  5.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.38 
 
 
395 aa  272  6e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3530  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.74 
 
 
415 aa  272  7e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.22 
 
 
401 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3005  putative L-carnitine dehydratase/bileacid- inducible protein F  39.72 
 
 
405 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.03 
 
 
379 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
404 aa  269  5.9999999999999995e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
394 aa  269  5.9999999999999995e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
413 aa  268  8e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.32 
 
 
381 aa  268  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.6 
 
 
446 aa  266  2.9999999999999995e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5439  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.17 
 
 
376 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
426 aa  266  4e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.71 
 
 
374 aa  266  4e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  37.85 
 
 
413 aa  265  8e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  37.85 
 
 
413 aa  265  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.57 
 
 
434 aa  265  8e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.94 
 
 
392 aa  265  8e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1550  hypothetical protein  39.33 
 
 
395 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.18 
 
 
368 aa  265  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1639  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.77 
 
 
386 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.32 
 
 
416 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.66 
 
 
399 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3615  Formyl-CoA transferase  37.8 
 
 
399 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.130892  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1436  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.89 
 
 
401 aa  263  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.1 
 
 
407 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.98 
 
 
383 aa  262  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0423169 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.8 
 
 
401 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.603541  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1193  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.06 
 
 
394 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.058782  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.16 
 
 
418 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.36 
 
 
407 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.96 
 
 
414 aa  261  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.6 
 
 
415 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.06 
 
 
410 aa  261  2e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.23 
 
 
418 aa  261  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0556868  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.21 
 
 
393 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.77 
 
 
388 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181246  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1584  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.77 
 
 
388 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.554978  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.66 
 
 
415 aa  259  4e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1666  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.57 
 
 
391 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0660  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.03 
 
 
382 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
418 aa  259  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1607  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.02 
 
 
404 aa  259  7e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.199838  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  39.51 
 
 
411 aa  258  8e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.48 
 
 
395 aa  258  8e-68  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
388 aa  258  9e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.14 
 
 
423 aa  258  1e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1834  CAIB/BAIF family CoA transferase  39.15 
 
 
479 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.9 
 
 
415 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4411  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.87 
 
 
381 aa  258  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.544796 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2445  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.53 
 
 
371 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949012  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4973  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.48 
 
 
383 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
391 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.972451  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17820  hypothetical protein  38.2 
 
 
395 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1541  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
395 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.843016  normal  0.199128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0566  formyl-CoA transferase  38.12 
 
 
387 aa  256  3e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  0.594324 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2159  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.53 
 
 
403 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.53 
 
 
403 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.4 
 
 
406 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  38.02 
 
 
401 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.09 
 
 
389 aa  256  4e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  36.57 
 
 
448 aa  256  6e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.01 
 
 
401 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.944742  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.62 
 
 
407 aa  255  8e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>