More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_0566 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_0566  formyl-CoA transferase  100 
 
 
387 aa  768    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  0.594324 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1506  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.35 
 
 
385 aa  534  1e-150  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.592505  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2605  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.99 
 
 
400 aa  525  1e-148  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0482771 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.53 
 
 
392 aa  510  1e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4545  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.9 
 
 
407 aa  503  1e-141  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.68 
 
 
415 aa  499  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  65.03 
 
 
385 aa  499  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10180  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  65.21 
 
 
391 aa  496  1e-139  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0274  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.77 
 
 
408 aa  491  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.289486 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.5 
 
 
395 aa  481  1e-134  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.17066  normal  0.946229 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60 
 
 
382 aa  441  9.999999999999999e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2156  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.91 
 
 
407 aa  437  1e-121  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  44.79 
 
 
418 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.53 
 
 
418 aa  336  5e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  48.83 
 
 
396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  49.1 
 
 
396 aa  325  6e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.24 
 
 
415 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.49 
 
 
388 aa  310  2.9999999999999997e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.05 
 
 
407 aa  309  5e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  46.25 
 
 
407 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.25 
 
 
429 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  43.15 
 
 
407 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.86 
 
 
407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
390 aa  302  6.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  43.15 
 
 
407 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  43.44 
 
 
406 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  41.41 
 
 
396 aa  301  1e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.12 
 
 
390 aa  300  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.08 
 
 
406 aa  299  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  45.41 
 
 
419 aa  299  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.32 
 
 
407 aa  299  7e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.46 
 
 
393 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  42.67 
 
 
406 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.16 
 
 
406 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
415 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.08 
 
 
406 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.86 
 
 
407 aa  295  7e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.71 
 
 
409 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  43.33 
 
 
420 aa  293  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.52 
 
 
387 aa  294  2e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.86 
 
 
407 aa  294  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.97 
 
 
407 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.16 
 
 
406 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.27 
 
 
435 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.54 
 
 
433 aa  292  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.92 
 
 
407 aa  292  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.16 
 
 
406 aa  292  7e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  43.29 
 
 
421 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.33 
 
 
407 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.16 
 
 
406 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  40.1 
 
 
427 aa  290  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.84 
 
 
389 aa  288  1e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.31 
 
 
428 aa  288  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.71 
 
 
416 aa  288  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.31 
 
 
450 aa  287  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
406 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
411 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.66 
 
 
407 aa  288  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  43.78 
 
 
411 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.13 
 
 
406 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.45 
 
 
381 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
403 aa  285  7e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.28 
 
 
406 aa  285  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  42.82 
 
 
412 aa  285  9e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.67 
 
 
381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.56 
 
 
394 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  39.03 
 
 
413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.21 
 
 
412 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  39.03 
 
 
413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.2 
 
 
374 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  40.46 
 
 
422 aa  283  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.97 
 
 
406 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0800  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
391 aa  282  8.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.06 
 
 
415 aa  281  9e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
415 aa  281  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  43.11 
 
 
401 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.97 
 
 
408 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.18 
 
 
410 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
406 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.45 
 
 
385 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  42.3 
 
 
406 aa  280  2e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
406 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.19 
 
 
381 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
406 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.07 
 
 
406 aa  280  4e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
406 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
406 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
406 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
544 aa  279  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
426 aa  279  6e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0845  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.32 
 
 
431 aa  279  6e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0637303 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.2 
 
 
430 aa  279  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
422 aa  278  8e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
577 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
568 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.13 
 
 
407 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.65 
 
 
411 aa  278  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  40.56 
 
 
406 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  40.87 
 
 
406 aa  278  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.39 
 
 
411 aa  277  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>