More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4545 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4545  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
407 aa  815    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.08 
 
 
392 aa  508  1e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10180  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  65.91 
 
 
391 aa  499  1e-140  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0566  formyl-CoA transferase  65.9 
 
 
387 aa  495  1e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  0.594324 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0274  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.04 
 
 
408 aa  485  1e-136  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.289486 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2605  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.89 
 
 
400 aa  487  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0482771 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.03 
 
 
415 aa  483  1e-135  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1506  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.37 
 
 
385 aa  467  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.592505  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.85 
 
 
395 aa  465  9.999999999999999e-131  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.17066  normal  0.946229 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  60.25 
 
 
385 aa  464  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.61 
 
 
382 aa  399  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2156  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.48 
 
 
407 aa  392  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  41.33 
 
 
396 aa  299  5e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  44.67 
 
 
396 aa  298  2e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  43.99 
 
 
396 aa  296  3e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  41.01 
 
 
418 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.51 
 
 
418 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
407 aa  278  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  40.85 
 
 
407 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
388 aa  278  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.35 
 
 
422 aa  277  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.42 
 
 
407 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.17 
 
 
406 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
407 aa  276  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  41.16 
 
 
406 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
433 aa  276  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
406 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.91 
 
 
406 aa  276  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.92 
 
 
415 aa  275  7e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  41.92 
 
 
420 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.17 
 
 
407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
406 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.91 
 
 
406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.41 
 
 
406 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  40.35 
 
 
407 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  38.13 
 
 
390 aa  272  6e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.55 
 
 
406 aa  272  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
409 aa  272  9e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  40.59 
 
 
544 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  40.59 
 
 
406 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  40.59 
 
 
406 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.41 
 
 
407 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  40.59 
 
 
406 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  40.64 
 
 
406 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  40.59 
 
 
577 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.39 
 
 
407 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  40.35 
 
 
406 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.73 
 
 
419 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  40.59 
 
 
568 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
402 aa  271  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.69 
 
 
407 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.83 
 
 
400 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.76 
 
 
387 aa  270  4e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.65 
 
 
395 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
385 aa  269  8e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.66 
 
 
406 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  41.15 
 
 
407 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  41.81 
 
 
411 aa  268  1e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.76 
 
 
435 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
406 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.15 
 
 
429 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  40.05 
 
 
406 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  43.78 
 
 
401 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  43.78 
 
 
401 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  43.78 
 
 
401 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
426 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.55 
 
 
406 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  39.85 
 
 
406 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  39.9 
 
 
412 aa  266  5e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39 
 
 
406 aa  265  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
406 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
415 aa  265  8e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.79 
 
 
401 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
452 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
406 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.79 
 
 
401 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.21 
 
 
381 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  43.28 
 
 
401 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  43.28 
 
 
401 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  43.28 
 
 
401 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  43.28 
 
 
401 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
381 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.61 
 
 
406 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.03 
 
 
401 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289281  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.65 
 
 
415 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
390 aa  262  6.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.86 
 
 
406 aa  262  8e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4785  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.92 
 
 
408 aa  262  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.436174  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.51 
 
 
434 aa  262  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.19 
 
 
382 aa  261  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.5 
 
 
424 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.9 
 
 
406 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6156  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
409 aa  261  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.37 
 
 
415 aa  260  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  43.28 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.11 
 
 
433 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.85 
 
 
390 aa  260  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.19 
 
 
426 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.23 
 
 
399 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.62 
 
 
381 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>