More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1225 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
382 aa  778    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.5 
 
 
390 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.28 
 
 
389 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.5 
 
 
386 aa  404  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.67 
 
 
386 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.11 
 
 
410 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  52.51 
 
 
422 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  50.26 
 
 
396 aa  360  3e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  44.92 
 
 
381 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.92 
 
 
381 aa  355  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  44.92 
 
 
381 aa  355  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  44.92 
 
 
381 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  44.92 
 
 
381 aa  355  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  44.92 
 
 
381 aa  353  2e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  44.92 
 
 
381 aa  354  2e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  44.92 
 
 
381 aa  353  4e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  43.24 
 
 
423 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.27 
 
 
388 aa  306  3e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.58 
 
 
415 aa  305  7e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.01 
 
 
423 aa  305  9.000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  43.93 
 
 
401 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.68 
 
 
392 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.84 
 
 
412 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  43.33 
 
 
389 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.84 
 
 
401 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.72 
 
 
413 aa  303  4.0000000000000003e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.05 
 
 
407 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.7 
 
 
415 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  43.56 
 
 
406 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  43.56 
 
 
544 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  43.56 
 
 
406 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  43.56 
 
 
406 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  43.56 
 
 
577 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  43.56 
 
 
568 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  43.56 
 
 
406 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.37 
 
 
409 aa  298  1e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.16 
 
 
407 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  41.27 
 
 
418 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  44.5 
 
 
396 aa  296  5e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
406 aa  295  7e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.01 
 
 
418 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  42.59 
 
 
416 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.75 
 
 
406 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  44.71 
 
 
396 aa  293  3e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.75 
 
 
406 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  42.78 
 
 
406 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.6 
 
 
415 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.78 
 
 
406 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.95 
 
 
413 aa  293  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.27 
 
 
406 aa  292  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.79 
 
 
407 aa  291  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.53 
 
 
406 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.12 
 
 
413 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
419 aa  291  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
387 aa  290  4e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.27 
 
 
406 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.47 
 
 
391 aa  289  7e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.01 
 
 
433 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2772  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.32 
 
 
399 aa  288  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.350013  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.05 
 
 
406 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.19 
 
 
407 aa  287  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  41.99 
 
 
393 aa  287  2e-76  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.02 
 
 
435 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.01 
 
 
452 aa  287  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.86 
 
 
434 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.82 
 
 
407 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.97 
 
 
399 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.27 
 
 
406 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.88 
 
 
416 aa  286  5e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  41.75 
 
 
406 aa  285  7e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.6 
 
 
390 aa  285  7e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  43.32 
 
 
381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.75 
 
 
406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.31 
 
 
388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  43.32 
 
 
381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  42.53 
 
 
420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.66 
 
 
407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  43.37 
 
 
420 aa  282  5.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  41.34 
 
 
425 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.86 
 
 
415 aa  282  7.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.2 
 
 
430 aa  282  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.7 
 
 
394 aa  281  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.97 
 
 
413 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.49 
 
 
426 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.67 
 
 
400 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.77 
 
 
415 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0395  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.93 
 
 
399 aa  280  3e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000919685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.67 
 
 
374 aa  280  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  40.62 
 
 
427 aa  280  3e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  40.56 
 
 
407 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.24 
 
 
406 aa  279  6e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.55 
 
 
426 aa  278  8e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.59 
 
 
407 aa  279  8e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
406 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
406 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  41.22 
 
 
421 aa  278  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.82 
 
 
411 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  40.15 
 
 
407 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.58 
 
 
404 aa  277  3e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.71 
 
 
450 aa  276  4e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>