More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2605 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2605  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
400 aa  796    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0482771 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.92 
 
 
395 aa  524  1e-147  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.17066  normal  0.946229 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0566  formyl-CoA transferase  68.99 
 
 
387 aa  519  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  0.594324 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  64.87 
 
 
385 aa  507  9.999999999999999e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0274  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.31 
 
 
408 aa  489  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.289486 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10180  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  63.73 
 
 
391 aa  487  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4545  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.89 
 
 
407 aa  487  1e-136  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.37 
 
 
392 aa  472  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1506  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.79 
 
 
385 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.592505  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.05 
 
 
415 aa  465  9.999999999999999e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2156  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.69 
 
 
407 aa  459  9.999999999999999e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.33 
 
 
382 aa  412  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  43.08 
 
 
418 aa  323  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.34 
 
 
418 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.75 
 
 
389 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  47.53 
 
 
396 aa  313  2.9999999999999996e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  46.75 
 
 
396 aa  313  2.9999999999999996e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  41.18 
 
 
390 aa  306  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.22 
 
 
435 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.42 
 
 
415 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  47.49 
 
 
407 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.49 
 
 
429 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.01 
 
 
394 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.34 
 
 
388 aa  301  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
385 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.97 
 
 
407 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  46.79 
 
 
419 aa  296  6e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  40.66 
 
 
381 aa  293  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.25 
 
 
406 aa  293  4e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  40.05 
 
 
396 aa  293  4e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  40.66 
 
 
381 aa  293  4e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.71 
 
 
390 aa  293  5e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.77 
 
 
407 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  43.3 
 
 
412 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  42.71 
 
 
421 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  39.75 
 
 
427 aa  289  7e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.25 
 
 
407 aa  289  7e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.2 
 
 
407 aa  289  8e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  43.04 
 
 
406 aa  288  9e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  42.36 
 
 
420 aa  287  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.26 
 
 
407 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.91 
 
 
407 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.27 
 
 
419 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.22 
 
 
394 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1193  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.1 
 
 
394 aa  286  4e-76  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.058782  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.93 
 
 
389 aa  286  4e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  40.86 
 
 
448 aa  285  7e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  42.3 
 
 
411 aa  285  9e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.18 
 
 
434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.49 
 
 
404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.7 
 
 
407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.9 
 
 
415 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.9 
 
 
407 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  41.07 
 
 
407 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0845  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.61 
 
 
431 aa  283  5.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0637303 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.09 
 
 
409 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.92 
 
 
410 aa  282  9e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0800  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.16 
 
 
391 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.76 
 
 
416 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
415 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.97 
 
 
393 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.39 
 
 
433 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.46 
 
 
412 aa  281  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.43 
 
 
406 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  40.82 
 
 
407 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.41 
 
 
410 aa  279  5e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  38.93 
 
 
450 aa  279  6e-74  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  45.79 
 
 
401 aa  279  7e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
418 aa  278  8e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.66 
 
 
406 aa  278  8e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.18 
 
 
402 aa  278  9e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
418 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.82 
 
 
381 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.29 
 
 
415 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.27 
 
 
374 aa  278  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
406 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.01 
 
 
416 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
381 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.25 
 
 
402 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  43.81 
 
 
401 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  43.81 
 
 
401 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  41.21 
 
 
401 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  43.81 
 
 
401 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.36 
 
 
374 aa  277  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
407 aa  276  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.28 
 
 
413 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  44.94 
 
 
401 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  39.59 
 
 
422 aa  276  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  44.94 
 
 
401 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.62 
 
 
391 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  44.94 
 
 
401 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  44.94 
 
 
401 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41 
 
 
400 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.94 
 
 
403 aa  276  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.58 
 
 
388 aa  276  5e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.44 
 
 
406 aa  276  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.49 
 
 
415 aa  276  6e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
433 aa  275  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  42.81 
 
 
383 aa  275  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>