More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0062 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  81.86 
 
 
403 aa  677    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
402 aa  822    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.65 
 
 
402 aa  579  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.51 
 
 
403 aa  573  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.16 
 
 
401 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.16 
 
 
401 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.99 
 
 
402 aa  541  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.42 
 
 
401 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289281  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6218  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.67 
 
 
401 aa  532  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50881  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  66.92 
 
 
401 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.17 
 
 
401 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.251841  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.17 
 
 
401 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0831367  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0427  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.42 
 
 
401 aa  521  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1054  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.97 
 
 
398 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.434292  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.51 
 
 
416 aa  512  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.76 
 
 
411 aa  508  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.71 
 
 
416 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.25 
 
 
418 aa  508  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.76 
 
 
424 aa  511  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.76 
 
 
411 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  46.53 
 
 
407 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  45.79 
 
 
407 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.14 
 
 
450 aa  352  8.999999999999999e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.03 
 
 
406 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.14 
 
 
428 aa  350  3e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.87 
 
 
430 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  46.78 
 
 
406 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.04 
 
 
406 aa  345  8e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.55 
 
 
433 aa  345  8.999999999999999e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  46.29 
 
 
406 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  44.44 
 
 
435 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  44.99 
 
 
425 aa  344  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  46.53 
 
 
406 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.79 
 
 
433 aa  343  4e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.53 
 
 
406 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.44 
 
 
406 aa  342  5e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.48 
 
 
418 aa  342  5e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.48 
 
 
418 aa  342  5e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.3 
 
 
407 aa  343  5e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.53 
 
 
406 aa  342  9e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
406 aa  341  1e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
406 aa  342  1e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
544 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
406 aa  341  1e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.55 
 
 
407 aa  341  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
406 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
577 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  43.07 
 
 
427 aa  340  2e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
568 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.8 
 
 
415 aa  340  4e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.31 
 
 
406 aa  338  7e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.95 
 
 
406 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.23 
 
 
409 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  43.32 
 
 
420 aa  334  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.07 
 
 
387 aa  333  2e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  44.31 
 
 
406 aa  334  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.05 
 
 
406 aa  333  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.83 
 
 
415 aa  333  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.12 
 
 
413 aa  332  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.06 
 
 
411 aa  331  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.39 
 
 
426 aa  332  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.69 
 
 
390 aa  332  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.69 
 
 
434 aa  331  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.07 
 
 
452 aa  330  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  45.43 
 
 
448 aa  330  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.75 
 
 
407 aa  328  9e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  43.99 
 
 
420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.22 
 
 
406 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.81 
 
 
406 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  44.19 
 
 
389 aa  325  9e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.07 
 
 
406 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
406 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
406 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  42.82 
 
 
406 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.07 
 
 
407 aa  323  4e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  43.65 
 
 
421 aa  323  5e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.77 
 
 
394 aa  322  7e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.28 
 
 
424 aa  322  7e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.81 
 
 
406 aa  322  8e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.19 
 
 
390 aa  322  9.000000000000001e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.73 
 
 
393 aa  322  9.000000000000001e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  43.69 
 
 
423 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.57 
 
 
426 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.55 
 
 
390 aa  319  5e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.73 
 
 
407 aa  318  9e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.78 
 
 
423 aa  318  1e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.89 
 
 
399 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.53 
 
 
392 aa  317  2e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  45.52 
 
 
401 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
415 aa  316  5e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.25 
 
 
412 aa  315  9e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.06 
 
 
368 aa  315  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>