More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0683 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
416 aa  833    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.6 
 
 
413 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.12 
 
 
382 aa  332  7.000000000000001e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.5 
 
 
404 aa  325  6e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  42.89 
 
 
396 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.5 
 
 
386 aa  316  5e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  40.66 
 
 
418 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.03 
 
 
418 aa  312  9e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.03 
 
 
418 aa  312  9e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.07 
 
 
423 aa  310  4e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  40.15 
 
 
393 aa  308  8e-83  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  42.86 
 
 
396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.33 
 
 
446 aa  307  2.0000000000000002e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.18 
 
 
426 aa  307  3e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
418 aa  306  6e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.02 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.95 
 
 
435 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  42.2 
 
 
396 aa  304  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.25 
 
 
395 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.37 
 
 
395 aa  302  6.000000000000001e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.94 
 
 
411 aa  302  7.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.76 
 
 
381 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.65 
 
 
406 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.89 
 
 
410 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.09 
 
 
390 aa  300  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.6 
 
 
416 aa  300  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.17 
 
 
415 aa  300  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  41.91 
 
 
381 aa  299  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
381 aa  298  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.97 
 
 
389 aa  298  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
381 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
393 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.19 
 
 
391 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
388 aa  297  2e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.18 
 
 
389 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  41.64 
 
 
381 aa  297  3e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.64 
 
 
381 aa  297  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  41.64 
 
 
381 aa  297  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  41.64 
 
 
381 aa  297  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  41.64 
 
 
381 aa  297  3e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  41.64 
 
 
381 aa  296  4e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  41.38 
 
 
381 aa  296  6e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
407 aa  296  6e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.68 
 
 
368 aa  296  6e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
387 aa  295  7e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.65 
 
 
433 aa  295  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.47 
 
 
413 aa  295  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
415 aa  295  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.91 
 
 
394 aa  295  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  41.83 
 
 
421 aa  295  1e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.15 
 
 
409 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
407 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.59 
 
 
382 aa  294  2e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  44.14 
 
 
413 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
407 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.6 
 
 
413 aa  293  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.86 
 
 
381 aa  292  7e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  41.62 
 
 
422 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
434 aa  292  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.9 
 
 
407 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  39.21 
 
 
406 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  42.93 
 
 
411 aa  290  3e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.44 
 
 
401 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.603541  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.51 
 
 
384 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.34 
 
 
419 aa  289  7e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
406 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
544 aa  288  8e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
577 aa  288  9e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
568 aa  288  9e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
406 aa  288  9e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
406 aa  288  9e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
406 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.09 
 
 
415 aa  288  9e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  41.69 
 
 
425 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.46 
 
 
423 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.26 
 
 
406 aa  287  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0660  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.89 
 
 
382 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  38.71 
 
 
406 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.8 
 
 
389 aa  286  4e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.9 
 
 
407 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  40.94 
 
 
422 aa  286  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.31 
 
 
415 aa  286  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
406 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.44 
 
 
382 aa  286  5.999999999999999e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.48 
 
 
381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  41.27 
 
 
401 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.68 
 
 
401 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.944742  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.01 
 
 
413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.27 
 
 
402 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.24 
 
 
413 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
406 aa  283  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325325  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  41.01 
 
 
395 aa  283  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
407 aa  283  5.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.35 
 
 
394 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
406 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2652  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.4 
 
 
391 aa  282  8.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
407 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  39.9 
 
 
411 aa  282  9e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.36 
 
 
411 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
410 aa  282  1e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>