More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1612 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
386 aa  786    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.03 
 
 
390 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.38 
 
 
386 aa  418  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.16 
 
 
389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.46 
 
 
410 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.5 
 
 
382 aa  404  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  52.24 
 
 
422 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  48.16 
 
 
396 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  45.87 
 
 
381 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.87 
 
 
381 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  45.87 
 
 
381 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  45.87 
 
 
381 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  45.87 
 
 
381 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  45.87 
 
 
381 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  45.6 
 
 
381 aa  353  4e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  45.6 
 
 
381 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.55 
 
 
415 aa  318  9e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40 
 
 
435 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
413 aa  303  3.0000000000000004e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  40.71 
 
 
421 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  40.26 
 
 
407 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  40.77 
 
 
401 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
406 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  40.26 
 
 
407 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
434 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.12 
 
 
409 aa  293  3e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  40.58 
 
 
393 aa  293  4e-78  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.29 
 
 
394 aa  293  4e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.17 
 
 
395 aa  293  4e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
433 aa  292  7e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.98 
 
 
404 aa  292  8e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  41.16 
 
 
418 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  39.74 
 
 
406 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.76 
 
 
416 aa  291  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
406 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.85 
 
 
415 aa  290  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.15 
 
 
392 aa  290  4e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  39.65 
 
 
544 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  39.65 
 
 
577 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  39.65 
 
 
568 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  39.23 
 
 
406 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  40.41 
 
 
406 aa  288  8e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
406 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
418 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  39.33 
 
 
406 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.33 
 
 
406 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.91 
 
 
407 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.97 
 
 
406 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.56 
 
 
406 aa  286  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.33 
 
 
406 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.35 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.83 
 
 
452 aa  285  9e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.11 
 
 
406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.68 
 
 
407 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.3 
 
 
406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
415 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
406 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.58 
 
 
426 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.29 
 
 
395 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.62 
 
 
415 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  41.07 
 
 
396 aa  283  5.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.57 
 
 
387 aa  282  9e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  41.07 
 
 
396 aa  282  9e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.15 
 
 
419 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.56 
 
 
406 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0395  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  40.58 
 
 
399 aa  280  2e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000919685 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  39.44 
 
 
390 aa  279  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  39.79 
 
 
390 aa  279  5e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
389 aa  279  7e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.56 
 
 
406 aa  278  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.11 
 
 
388 aa  278  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.07 
 
 
426 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  40.41 
 
 
427 aa  277  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.49 
 
 
407 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.46 
 
 
418 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2579  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.7 
 
 
425 aa  276  5e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000133596 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  41.1 
 
 
411 aa  276  6e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
418 aa  275  7e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8461  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.81 
 
 
387 aa  275  7e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472879  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
424 aa  275  8e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  39.43 
 
 
420 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.49 
 
 
406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.57 
 
 
407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.73 
 
 
406 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.18 
 
 
413 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.05 
 
 
406 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
413 aa  272  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.2 
 
 
406 aa  272  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
411 aa  272  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
406 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
406 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  39.63 
 
 
393 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  39.05 
 
 
423 aa  270  2e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  39.12 
 
 
389 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.24 
 
 
391 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.33 
 
 
407 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>