More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3427 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  82.59 
 
 		 425 aa  734    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  80.71 
 
 		 425 aa  718    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  90.35 
 
 		 425 aa  797    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  83.29 
 
 		 425 aa  745    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  80.82 
 
 		 415 aa  698    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  75.54 
 
 		 415 aa  651    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  77.07 
 
 		 429 aa  682    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  78.66 
 
 		 415 aa  676    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 		 425 aa  880    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  77.65 
 
 		 425 aa  702    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  92.92 
 
 		 426 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  77.91 
 
 		 415 aa  658    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  81.06 
 
 		 415 aa  702    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  94.12 
 
 		 425 aa  832    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  78.12 
 
 		 416 aa  663    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  97.65 
 
 		 425 aa  863    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  78.66 
 
 		 415 aa  676    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  83.29 
 
 		 425 aa  741    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  77.07 
 
 		 429 aa  682    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  77.78 
 
 		 429 aa  687    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  89.22 
 
 		 334 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  70.74 
 
 		 412 aa  616  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  65.07 
 
 		 416 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  65.79 
 
 		 416 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  64.83 
 
 		 416 aa  538  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  65.38 
 
 		 417 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  65.07 
 
 		 416 aa  536  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  64.83 
 
 		 416 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  64.35 
 
 		 416 aa  535  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  65.07 
 
 		 416 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  64.35 
 
 		 416 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  65.3 
 
 		 416 aa  534  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  64.11 
 
 		 416 aa  531  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  63.64 
 
 		 416 aa  529  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  62.65 
 
 		 410 aa  526  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  62.32 
 
 		 410 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  63.03 
 
 		 423 aa  519  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  62.32 
 
 		 423 aa  515  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  59.62 
 
 		 409 aa  499  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  60.86 
 
 		 425 aa  495  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  61 
 
 		 416 aa  489  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  61 
 
 		 416 aa  490  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  56.12 
 
 		 409 aa  455  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.07 
 
 		 290 aa  384  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  45.28 
 
 		 452 aa  349  6e-95  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.74 
 
 		 284 aa  263  4.999999999999999e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.3 
 
 		 395 aa  241  2e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.26 
 
 		 407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.33 
 
 		 416 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  34.37 
 
 		 396 aa  232  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  34.13 
 
 		 396 aa  227  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.63 
 
 		 410 aa  226  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  32.71 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.29 
 
 		 413 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.8 
 
 		 415 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.54 
 
 		 419 aa  224  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.71 
 
 		 418 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 406 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  33.75 
 
 		 395 aa  222  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.42 
 
 		 406 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.47 
 
 		 395 aa  222  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  33.41 
 
 		 544 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 		 406 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 		 406 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 		 406 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 		 406 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  32.61 
 
 		 404 aa  219  8.999999999999998e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 		 577 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 		 568 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.02 
 
 		 407 aa  218  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  32.87 
 
 		 427 aa  218  2e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.29 
 
 		 426 aa  217  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.06 
 
 		 423 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  33.02 
 
 		 396 aa  217  4e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 		 394 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 		 413 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 		 406 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.57 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  33.81 
 
 		 402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.79 
 
 		 412 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.78 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.62 
 
 		 424 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.98 
 
 		 406 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  32.92 
 
 		 393 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 		 398 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 		 423 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.24 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  35.92 
 
 		 400 aa  210  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.78 
 
 		 452 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  34.31 
 
 		 422 aa  210  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.49 
 
 		 386 aa  210  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.63 
 
 		 406 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>