More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2155 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  81.65 
 
 		 425 aa  725    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  89.88 
 
 		 425 aa  795    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  78.01 
 
 		 429 aa  689    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  77.54 
 
 		 429 aa  688    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  79.57 
 
 		 415 aa  682    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  75.36 
 
 		 415 aa  645    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  80.29 
 
 		 415 aa  690    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 		 425 aa  880    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  77.54 
 
 		 429 aa  687    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  83.76 
 
 		 425 aa  743    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  94.12 
 
 		 425 aa  832    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  90.8 
 
 		 426 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  77.86 
 
 		 415 aa  656    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  77.78 
 
 		 416 aa  657    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  80.29 
 
 		 415 aa  692    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  84.24 
 
 		 425 aa  750    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  93.65 
 
 		 425 aa  832    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  79.57 
 
 		 415 aa  682    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  77.18 
 
 		 425 aa  697    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  83.06 
 
 		 425 aa  736    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  88.92 
 
 		 334 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  71.19 
 
 		 412 aa  616  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  64.59 
 
 		 416 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  65.13 
 
 		 417 aa  538  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  64.83 
 
 		 416 aa  535  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  64.83 
 
 		 416 aa  535  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  64.75 
 
 		 416 aa  537  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  64.35 
 
 		 416 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  62.8 
 
 		 410 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  64.35 
 
 		 416 aa  531  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  63.16 
 
 		 416 aa  530  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  64.58 
 
 		 416 aa  527  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  64.11 
 
 		 416 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  61.93 
 
 		 410 aa  525  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  64.11 
 
 		 416 aa  526  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  63.37 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  62.56 
 
 		 423 aa  520  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  61.85 
 
 		 423 aa  510  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  60.39 
 
 		 409 aa  502  1e-141  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  61.34 
 
 		 425 aa  498  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  61.15 
 
 		 416 aa  483  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  61.15 
 
 		 416 aa  484  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  57.07 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.03 
 
 		 290 aa  381  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  45.52 
 
 		 452 aa  355  1e-96  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.48 
 
 		 284 aa  272  9e-72  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.87 
 
 		 395 aa  239  6.999999999999999e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.81 
 
 		 407 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.26 
 
 		 416 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  34.61 
 
 		 396 aa  226  8e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 		 406 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 		 395 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.25 
 
 		 413 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  33.97 
 
 		 396 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.76 
 
 		 423 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.2 
 
 		 406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.04 
 
 		 410 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  34.43 
 
 		 406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.94 
 
 		 415 aa  220  3.9999999999999997e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.45 
 
 		 419 aa  219  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 		 407 aa  219  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.08 
 
 		 423 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  32.94 
 
 		 418 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  33.89 
 
 		 396 aa  219  7.999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  33.65 
 
 		 406 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  33.41 
 
 		 568 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  33 
 
 		 395 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  33.41 
 
 		 577 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  33.41 
 
 		 544 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  33.65 
 
 		 406 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  33.65 
 
 		 406 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  33.65 
 
 		 406 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  34.04 
 
 		 427 aa  219  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 		 394 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.94 
 
 		 418 aa  217  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.73 
 
 		 406 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.99 
 
 		 413 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  33.01 
 
 		 404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 		 406 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  33 
 
 		 393 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.56 
 
 		 386 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.73 
 
 		 426 aa  213  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.73 
 
 		 395 aa  211  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.62 
 
 		 424 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.93 
 
 		 416 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.24 
 
 		 388 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5721  putative Formyl-CoA transferase  32.93 
 
 		 396 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.94 
 
 		 433 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5748  Formyl-CoA transferase  34.29 
 
 		 397 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.91 
 
 		 452 aa  209  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  34.75 
 
 		 413 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.55 
 
 		 406 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 		 382 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>