More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0640 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  77.13 
 
 
425 aa  660    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  76.77 
 
 
425 aa  652    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  75.36 
 
 
425 aa  645    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.58 
 
 
425 aa  647    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  79.76 
 
 
415 aa  709    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  79.76 
 
 
415 aa  709    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  75.54 
 
 
425 aa  651    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  77.29 
 
 
425 aa  663    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  76.81 
 
 
426 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  80.24 
 
 
415 aa  716    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  72.53 
 
 
412 aa  649    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  81.46 
 
 
415 aa  732    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  76.03 
 
 
425 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  78.74 
 
 
416 aa  699    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  75.06 
 
 
425 aa  649    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  82.2 
 
 
415 aa  734    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  77.94 
 
 
425 aa  649    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 
415 aa  862    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  74.2 
 
 
429 aa  617  1e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  73.04 
 
 
429 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  73.04 
 
 
429 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  67.79 
 
 
416 aa  589  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  65.87 
 
 
416 aa  577  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  65.87 
 
 
416 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  65.87 
 
 
416 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  64.66 
 
 
416 aa  570  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  65.62 
 
 
416 aa  569  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  65.87 
 
 
416 aa  568  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  64.66 
 
 
416 aa  570  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  65.38 
 
 
416 aa  570  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  64.42 
 
 
416 aa  568  1e-161  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  65.22 
 
 
417 aa  567  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  63.7 
 
 
416 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  62.26 
 
 
416 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  62.26 
 
 
416 aa  542  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  62.26 
 
 
416 aa  542  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  62.26 
 
 
416 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  62.26 
 
 
416 aa  541  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  62.26 
 
 
416 aa  542  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  62.26 
 
 
416 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  62.5 
 
 
416 aa  543  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  62.38 
 
 
423 aa  541  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  62.26 
 
 
416 aa  542  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  63.24 
 
 
410 aa  534  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  63.24 
 
 
410 aa  528  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  60.48 
 
 
423 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  60.91 
 
 
425 aa  521  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  60.82 
 
 
409 aa  508  1e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  75.47 
 
 
334 aa  508  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  83.39 
 
 
290 aa  484  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  57.66 
 
 
409 aa  465  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  47.61 
 
 
452 aa  384  1e-105  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.09 
 
 
284 aa  288  1e-76  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
395 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.8 
 
 
410 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.12 
 
 
407 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.21 
 
 
406 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.32 
 
 
413 aa  230  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.24 
 
 
423 aa  225  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  34.05 
 
 
396 aa  225  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
423 aa  224  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.9 
 
 
416 aa  224  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.72 
 
 
415 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  33.02 
 
 
404 aa  219  5e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  33.57 
 
 
396 aa  219  6e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
416 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.3 
 
 
413 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  33.41 
 
 
398 aa  216  5.9999999999999996e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.84 
 
 
395 aa  216  5.9999999999999996e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.45 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.13 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.76 
 
 
426 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  34.57 
 
 
413 aa  213  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  32.95 
 
 
408 aa  212  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  32.14 
 
 
402 aa  210  3e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.46 
 
 
406 aa  210  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.11 
 
 
411 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.1 
 
 
406 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325325  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.32 
 
 
396 aa  207  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 
423 aa  207  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.79 
 
 
397 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.26 
 
 
397 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  32 
 
 
395 aa  207  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  33.17 
 
 
422 aa  207  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.15 
 
 
811 aa  206  5e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.93 
 
 
409 aa  206  5e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.3 
 
 
429 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.15 
 
 
811 aa  206  5e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  32.3 
 
 
407 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.3 
 
 
407 aa  206  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  32.38 
 
 
418 aa  206  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  30.77 
 
 
399 aa  206  8e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.37 
 
 
423 aa  205  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.54 
 
 
407 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3593  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.32 
 
 
401 aa  205  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.717963  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.03 
 
 
419 aa  205  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.26 
 
 
395 aa  205  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  32.13 
 
 
412 aa  204  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.91 
 
 
811 aa  204  3e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199117  normal  0.974632 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  31.19 
 
 
402 aa  204  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>