More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6032 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  77.94 
 
 		 425 aa  669    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  80.58 
 
 		 425 aa  694    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  74.7 
 
 		 429 aa  641    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  74.7 
 
 		 412 aa  661    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  80.29 
 
 		 425 aa  690    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  80.34 
 
 		 425 aa  688    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  83.82 
 
 		 416 aa  726    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  74.7 
 
 		 429 aa  641    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  79.62 
 
 		 425 aa  685    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  75.18 
 
 		 429 aa  643    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  92.77 
 
 		 415 aa  807    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  92.77 
 
 		 415 aa  807    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  80.82 
 
 		 425 aa  698    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  80.34 
 
 		 426 aa  697    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  83.37 
 
 		 415 aa  729    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  98.07 
 
 		 415 aa  852    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  81.53 
 
 		 425 aa  706    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 		 415 aa  861    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  82.2 
 
 		 415 aa  734    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  81.06 
 
 		 425 aa  704    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  76.5 
 
 		 425 aa  671    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  71.39 
 
 		 416 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  69.71 
 
 		 416 aa  598  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  69.71 
 
 		 416 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  69.23 
 
 		 416 aa  596  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  69.23 
 
 		 416 aa  596  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  68.99 
 
 		 416 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  68.51 
 
 		 416 aa  589  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  68.27 
 
 		 416 aa  586  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  68.27 
 
 		 416 aa  587  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  68.78 
 
 		 417 aa  587  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  68.75 
 
 		 416 aa  586  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  69.23 
 
 		 416 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  66.03 
 
 		 423 aa  565  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  64.85 
 
 		 423 aa  558  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  63.94 
 
 		 416 aa  545  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  64.27 
 
 		 425 aa  545  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  64.18 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  79.75 
 
 		 334 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  61.99 
 
 		 410 aa  536  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  62.8 
 
 		 410 aa  538  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  61.06 
 
 		 409 aa  514  1e-144  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  56.97 
 
 		 409 aa  468  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.05 
 
 		 290 aa  437  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  48.09 
 
 		 452 aa  392  1e-108  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.53 
 
 		 284 aa  295  1e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 		 407 aa  242  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.83 
 
 		 415 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.03 
 
 		 423 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 		 395 aa  236  4e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.51 
 
 		 406 aa  235  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  36.04 
 
 		 404 aa  232  9e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  33.33 
 
 		 396 aa  230  4e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.05 
 
 		 426 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.08 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.25 
 
 		 395 aa  227  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  34.93 
 
 		 398 aa  227  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 		 416 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.77 
 
 		 413 aa  226  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.76 
 
 		 395 aa  226  8e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  35.36 
 
 		 413 aa  225  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.95 
 
 		 423 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  32.62 
 
 		 396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 		 415 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 		 418 aa  221  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 		 418 aa  220  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.81 
 
 		 419 aa  221  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  33.97 
 
 		 396 aa  218  1e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.45 
 
 		 407 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  33.1 
 
 		 408 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.88 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.66 
 
 		 433 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.46 
 
 		 397 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.89 
 
 		 435 aa  217  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.88 
 
 		 406 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  33.57 
 
 		 402 aa  216  7e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 		 407 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  33.5 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  33.01 
 
 		 407 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  33.5 
 
 		 422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.8 
 
 		 406 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  33.57 
 
 		 425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 		 429 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 		 398 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 		 416 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  33.33 
 
 		 406 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  32.93 
 
 		 402 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.4 
 
 		 407 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.13 
 
 		 409 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  34.91 
 
 		 419 aa  212  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 		 406 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>