More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4517 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
395 aa  806    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.13 
 
 
410 aa  302  6.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.41 
 
 
392 aa  272  9e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  40.1 
 
 
416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  38.29 
 
 
402 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  41.89 
 
 
407 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.89 
 
 
429 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.89 
 
 
407 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  35.53 
 
 
396 aa  241  2e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  39.81 
 
 
409 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.23 
 
 
413 aa  235  8e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
404 aa  233  3e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.63 
 
 
430 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.3 
 
 
419 aa  233  5e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  37.6 
 
 
400 aa  232  7.000000000000001e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  36.46 
 
 
420 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  36.46 
 
 
416 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.81 
 
 
446 aa  232  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7159  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.87 
 
 
413 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.71 
 
 
407 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  36.11 
 
 
404 aa  230  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  36.2 
 
 
412 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.94 
 
 
418 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.78 
 
 
410 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.71 
 
 
419 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 
450 aa  226  4e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  33.89 
 
 
425 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 
428 aa  226  6e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  35.76 
 
 
415 aa  226  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.75 
 
 
425 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.68 
 
 
418 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  35.76 
 
 
415 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  34.91 
 
 
416 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3005  putative L-carnitine dehydratase/bileacid- inducible protein F  36.71 
 
 
405 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  33.41 
 
 
426 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.19 
 
 
415 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  34.94 
 
 
425 aa  223  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.4 
 
 
415 aa  223  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.37 
 
 
410 aa  222  7e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  34.84 
 
 
404 aa  222  8e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.89 
 
 
407 aa  222  8e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  37.12 
 
 
411 aa  222  9e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.02 
 
 
405 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.27 
 
 
418 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.27 
 
 
418 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  34.13 
 
 
425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  35.61 
 
 
402 aa  220  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2478  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.85 
 
 
402 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  decreased coverage  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1827  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.01 
 
 
445 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125103  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
401 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  34.46 
 
 
425 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
401 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  35.01 
 
 
411 aa  219  8.999999999999998e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  37.92 
 
 
401 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.37 
 
 
387 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  34.61 
 
 
429 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
411 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  39.06 
 
 
382 aa  218  2e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  34.37 
 
 
429 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
415 aa  218  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.07 
 
 
397 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  34.37 
 
 
429 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  33.98 
 
 
425 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.77 
 
 
433 aa  217  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
409 aa  217  4e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  35.08 
 
 
415 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  34.84 
 
 
415 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
426 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  34.85 
 
 
423 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  33.57 
 
 
425 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.38 
 
 
407 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.77 
 
 
413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.4 
 
 
381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  35.26 
 
 
405 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
406 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2979  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.475368  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  37.9 
 
 
413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1979  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.41 
 
 
394 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.18 
 
 
418 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  36.02 
 
 
418 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.87 
 
 
381 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  35.17 
 
 
381 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  36.77 
 
 
389 aa  213  4.9999999999999996e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.16 
 
 
395 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  34.85 
 
 
402 aa  213  5.999999999999999e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.12 
 
 
382 aa  213  5.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.89 
 
 
395 aa  213  5.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17820  hypothetical protein  35.35 
 
 
395 aa  212  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  33.41 
 
 
417 aa  212  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  33.73 
 
 
425 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.79 
 
 
392 aa  212  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.97 
 
 
395 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  34.38 
 
 
412 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
412 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1436  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.2 
 
 
401 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
381 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
406 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.06 
 
 
431 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.6 
 
 
396 aa  210  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>