More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0428 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
392 aa  800    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.79 
 
 
410 aa  371  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.41 
 
 
395 aa  280  2e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.73 
 
 
413 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  38.4 
 
 
400 aa  230  3e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.91 
 
 
415 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  35.11 
 
 
396 aa  228  1e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  35.37 
 
 
404 aa  226  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.78 
 
 
418 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.78 
 
 
418 aa  226  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.83 
 
 
396 aa  226  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  35.62 
 
 
416 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.77 
 
 
413 aa  225  1e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.87 
 
 
412 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  34.72 
 
 
393 aa  224  3e-57  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.51 
 
 
395 aa  223  6e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  36.17 
 
 
402 aa  222  8e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  35.9 
 
 
402 aa  221  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.28 
 
 
416 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  35.64 
 
 
404 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.97 
 
 
382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  36 
 
 
402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.81 
 
 
406 aa  220  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  33.69 
 
 
398 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  37.85 
 
 
415 aa  218  1e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  32.23 
 
 
381 aa  218  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  32.23 
 
 
381 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.23 
 
 
381 aa  216  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6317  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.14 
 
 
392 aa  217  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.136735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  32.23 
 
 
381 aa  216  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  32.23 
 
 
381 aa  216  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  32.23 
 
 
381 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  35.75 
 
 
400 aa  216  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  32.23 
 
 
381 aa  215  9e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  34.95 
 
 
418 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
396 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.13 
 
 
386 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  31.97 
 
 
381 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.5 
 
 
395 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.26 
 
 
413 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.19 
 
 
396 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
390 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.19 
 
 
396 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
410 aa  212  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  34.66 
 
 
382 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.78 
 
 
404 aa  210  3e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  33.92 
 
 
413 aa  210  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.54 
 
 
399 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.6 
 
 
401 aa  209  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  34.79 
 
 
405 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.19 
 
 
386 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  31.75 
 
 
399 aa  209  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1827  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.79 
 
 
445 aa  209  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125103  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  34.35 
 
 
411 aa  208  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  34.62 
 
 
409 aa  207  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0831  putative acyl-CoA transferase  35.23 
 
 
429 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150228  normal  0.0178347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  34.68 
 
 
412 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  36.77 
 
 
385 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.19 
 
 
396 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
401 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
401 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
401 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
401 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
401 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
401 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
401 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
389 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.96 
 
 
433 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
418 aa  206  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2644  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
412 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.16 
 
 
388 aa  205  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.609688  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2979  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.25 
 
 
396 aa  204  2e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.475368  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.6 
 
 
396 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7159  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
413 aa  204  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
405 aa  203  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.31 
 
 
382 aa  203  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
406 aa  203  5e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.72 
 
 
399 aa  203  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.6 
 
 
426 aa  202  7e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3530  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.38 
 
 
415 aa  202  8e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.75 
 
 
395 aa  202  9e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  35.28 
 
 
400 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
412 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.1 
 
 
416 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  34.09 
 
 
411 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
405 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  33.33 
 
 
409 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.77 
 
 
406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.77 
 
 
406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2800  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.37 
 
 
421 aa  201  3e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2605  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.34 
 
 
400 aa  200  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0482771 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4617  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.9 
 
 
388 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.73 
 
 
398 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.1 
 
 
411 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.77 
 
 
395 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3333  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.23 
 
 
395 aa  199  6e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.94 
 
 
413 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>