More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_C6317 on replicon NC_007336
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007336  Reut_C6317  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
392 aa  803    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.136735  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5651  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.77 
 
 
387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.75 
 
 
416 aa  246  4e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.86 
 
 
411 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.23 
 
 
406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.22 
 
 
426 aa  240  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
423 aa  239  6.999999999999999e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.21 
 
 
416 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.69 
 
 
418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.6 
 
 
407 aa  236  6e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  37.95 
 
 
418 aa  236  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
393 aa  235  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.48 
 
 
406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.79 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.25 
 
 
419 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  36.84 
 
 
395 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.01 
 
 
395 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  37.04 
 
 
396 aa  231  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
406 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.15 
 
 
394 aa  229  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.6 
 
 
406 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.62 
 
 
403 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.61 
 
 
415 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  35.05 
 
 
393 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  36.34 
 
 
412 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  35.82 
 
 
393 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.34 
 
 
395 aa  226  6e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.68 
 
 
413 aa  224  1e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
415 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
406 aa  225  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  36.55 
 
 
406 aa  222  7e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.1 
 
 
413 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.22 
 
 
409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.82 
 
 
407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4014  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.56 
 
 
399 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.4 
 
 
382 aa  220  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4617  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.84 
 
 
388 aa  219  6e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.72 
 
 
387 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.25 
 
 
414 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.52 
 
 
398 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  34.34 
 
 
411 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3530  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.09 
 
 
415 aa  217  4e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0237  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
419 aa  216  5.9999999999999996e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.79 
 
 
395 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.44 
 
 
415 aa  216  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  34.33 
 
 
407 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.31 
 
 
390 aa  215  9e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3486  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.41 
 
 
420 aa  215  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.290572 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4145  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  37.12 
 
 
414 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0869104  normal  0.342052 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.41 
 
 
429 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.08 
 
 
413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  35.18 
 
 
424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2763  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.68 
 
 
399 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.15 
 
 
381 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.33 
 
 
407 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 
413 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  31.39 
 
 
416 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
407 aa  212  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.24 
 
 
394 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  35.09 
 
 
411 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  32.67 
 
 
450 aa  211  2e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
406 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  35.88 
 
 
401 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2605  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.43 
 
 
400 aa  210  3e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0482771 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  33.25 
 
 
395 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.1 
 
 
413 aa  210  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.4 
 
 
415 aa  210  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.08 
 
 
407 aa  210  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  33.95 
 
 
381 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.95 
 
 
381 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4040  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.4 
 
 
395 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4152  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.4 
 
 
395 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.642873  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.49 
 
 
404 aa  209  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8312  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.25 
 
 
425 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0250341  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  33.95 
 
 
381 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  33.95 
 
 
381 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  33.95 
 
 
381 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  33.95 
 
 
381 aa  210  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.09 
 
 
406 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.92 
 
 
407 aa  209  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.33 
 
 
406 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.55 
 
 
395 aa  209  7e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
417 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  33.95 
 
 
381 aa  209  7e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2729  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.32 
 
 
395 aa  209  7e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  33.33 
 
 
408 aa  209  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
409 aa  209  8e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.99 
 
 
473 aa  209  9e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.653273  normal  0.0775315 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0178  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.92 
 
 
432 aa  208  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.207633 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.84 
 
 
409 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  36.88 
 
 
389 aa  208  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3863  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 
426 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.859373  normal  0.485093 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.14 
 
 
392 aa  207  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4307  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.91 
 
 
396 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.51 
 
 
407 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  32.57 
 
 
403 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.99 
 
 
389 aa  207  3e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  33.82 
 
 
407 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3315  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.01 
 
 
403 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  33.68 
 
 
381 aa  206  6e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>